龙番市海底隧道的应急灯在凌晨两点十七分突然爆闪，正在值班的秦明接到报警时，手机屏幕映出自己凝重的脸色——隧道监控画面里，检修工人的尸体呈蝶形蜷曲在铁轨旁，皮肤下隐约可见流动的银色光带，与三年前“光锚计划”的光粒子基因完全不同，却多了深海生物发光蛋白的光谱特征。
“大宝，准备低温解剖台。”秦明扯下风衣冲向车库，“尸体的发光蛋白能在水下自主复制，和我母亲当年研究的深海基因锁有关。”他踩下油门，隧道入口的霓虹灯在雨刷器下碎成光片，“林涛，查近三个月的深海探测器失踪记录；诗羽，联系海洋研究所，重点排查基因编辑过的发光生物。”
解剖室的蓝色冷光中，大宝的手术刀划开尸体胸腔，所有人倒吸凉气——心脏位置悬浮着枚半透明的“光茧”，茧内蜷缩着具婴儿大小的生物，体表覆盖着与安康鱼相同的发光腺体，颈侧的星芒印记与林小蝶的基因链产生共振。“这是深海基因与量子态的融合体，”大宝的声音发颤，“它的肋骨里嵌着x组织的双螺旋徽记，编号‘55’。”
林涛的物证袋里装着从死者指甲缝提取的黑色泥沙，显微镜下可见发光的硅基生物：“成分来自马里亚纳海沟的黑烟囱附近，那里三个月前发生过海底地震，监测显示有青铜结构的建筑活动。”他调出卫星图像，海沟深处的阴影区域出现与龙番市钟楼相同的蝶形轮廓，“x组织在海底重建了茧房。”
陈诗羽的电脑突然收到匿名邮件，附件是段深海录像：发光的水母群中，第54号的量子态身体正在与青铜建筑群融合，他的指尖划过巨大的基因库，库体表面刻着“暗潮计划：用深海压力重构人类基因”。“他们想把人类改造成能在马里亚纳海沟生存的‘深海茧民’，”她的声音带着压抑的恐惧，“而林小蝶的基因，是打开深海基因库的钥匙。”
林小蝶的身影出现在解剖室门口，颈侧的水母纹路正以肉眼可见的速度转化为发光腺体：“哥，我能‘听见’深海的声音……”她的瞳孔映出海底火山的红光，“第54号在利用黑烟囱的硫化物能量，把人类基因改写成硅基生命体。”她的指尖渗出蓝色荧光血，“他们在我的基因里找到了深海适应性代码。”
秦明的怀表剧烈震动，表盖内侧浮现出母亲叶青的全息影像。她穿着深海潜水服，身后是1998年沉没的灯塔残骸：“小秦，当年我在灯塔实验室提取了深海热液生物的基因，藏在你父亲的怀表里。”影像中的她将枚发光水母放入基因库，“这种‘光锚水母’能在高压下释放基因中和波，记住，它的弱点是……”
画面突然被雪花覆盖，解剖室的灯光熄灭。当应急灯亮起时，林小蝶已消失，解剖台上的光茧生物睁开眼睛，瞳孔里闪烁着深海生物的冷光。
马里亚纳海沟的黑暗中，秦明和林涛穿着抗压潜水服缓缓下沉，头盔灯光照亮青铜建筑群的轮廓——十二座基因库环绕着中央火山口，库体表面流动着与林小蝶发光腺体相同的荧光。第54号的声音从火山口传来，混着岩浆流动的低鸣：“秦明，你终于来了。深海是地球最后的茧房，而你妹妹的基因，将成为茧房的氧气。”
林小蝶被悬浮在中央基因库中，她的身体已部分硅基化，发光腺体与库体的荧光形成能量回路。“哥，启动光锚水母的基因锁，”她的声音带着金属震颤，“父母在我基因里留了深海防火墙，藏在发光腺体的线粒体中。”
秦明将怀表贴近基因库，表盖内侧的光锚水母图案与林小蝶的腺体产生共振，青铜建筑群的荧光开始转为温暖的橙色——那是锈菌深海变体的颜色。十二座基因库的库体出现裂痕，硅基化的人类胚胎开始崩解，化作发光的尘埃沉入海沟。
第54号的量子态身体与火山口的能量产生剧烈排斥，他惊恐地看着自己的身体分解成光粒子：“你……你用深海的温暖毁掉了永恒？”
“不，我们让生命学会了在暗潮中发光。”秦明抓住林小蝶逐渐实体化的手，光锚水母的荧光在她颈侧凝结成水母触须的形状，“就像这些深海生物，即使在永夜中，也能成为自己的光。”
当青铜建筑群在深海压力下崩塌，只有中央基因库留下块嵌着光锚水母的碎片，内侧刻着：“致所有在暗潮中前行的人：光从不只来自太阳，也来自每个破茧者的心脏”。
三个月后，龙番市海洋馆新增了个特殊展区：发光水母的水箱旁，放着块来自马里亚纳海沟的青铜碎片，旁边的展板写着：“暗潮不是终结，而是生命向光的另一种姿态”。解剖室的灯光如常亮起，秦明看着新送来的普通溺水案尸体，突然发现其指甲缝里有极淡的发光颗粒——那是x组织逃逸的最后基因碎片。他笑了笑，知道阴影或许永远不会彻底消散，但只要还有人愿意在深海的黑暗中守护生命的火种，那些试图用基因编织茧房的人，终将在法医的解剖刀下，看见人性最璀璨的光芒。
而在更深的海底，第54号的量子意识碎片融入发光水母群，他的指尖无意识地凝聚出水母触须的形状，荧光在触须末端汇聚成极小的人形影子——那是生命在永恒黑暗中，留下的第一丝关于“希望”的涟漪。