却说舜帝登上宫殿，两班文武大臣朝贺行拜舞之礼完毕，是这样的景象：
金殿当头紫阁重，仙人掌上玉芙蓉。
太平天子朝元日，五色云车驾六龙。
舜帝召见禹对他说：“如今天下地上，方圆八千多里，到达荒服之地，向南安抚交趾，向西抵达昆仑，向东远至岛夷，向北到达戎狄，四海之内，如今虽然都有记载，朕颇为无忧。但是如今洪水成灾，先帝曾命令你的父亲治理，没有功劳而获罪至极。朕常常想要得到一个人来治理，来拯救苍生，这是为万民立下莫大的功劳，可惜没有得到这样的人。朕观察你的才能德行，可以担当这个重大的任务。希望你不害怕辛苦劳累，把万民从水火之中拯救出来，不知道你是否愿意慷慨担当？”禹听到舜帝的话，流泪叩头说：“我的父亲辜负了先帝，自然应当获罪。我每每想到这里，没有不三次叹息流泪的。我本来没有才能，承蒙君主委任，怎敢不奉命！愿意舍身办理国事，来报答陛下的知遇之恩，怎敢偷生贪图安逸！”舜帝听到禹的上奏，非常高兴说：“朕有你这次行动，洪水不用担心了。”命令设宴款待禹，亲自赏赐御酒三杯，金花三朵，用笙箫鼓乐送出朝门。
禹谢恩领旨出发，百官都在十里之外饯行。一路上看到洪水滔天，禹感伤父亲鲧治水不成功而被诛杀，于是劳身苦思。第二天升帐，下令购买置办祭祀物品，虔诚祷告说：
禹本是一个普通人，承蒙君主委任，疏通洪水，来拯救万民。如今准备祭祀物品，祈祷各位上神神灵怜悯保佑。臣禹决不敢偷生懈怠，辜负君主的恩德，损害百姓的财物。如果有不专心的地方，愿神天降惩罚。
禹祭祀完毕，散发了祭祀物品。一夜辗转不能入睡。到三更时分，梦见一位神人身披绛绣，手握一册，自称玄夷使者，对禹说：“上帝嘉奖你一心为百姓，所以让我到这里，授予你治水的经书。江、河、淮、汉、伊、洛、瀍、濉、汝、济、泗、渎、泾、渭，凡是所属地方的水，都依照这本书来治理。黄帝有《水经》，藏在宛委山（绍兴）。北方的治理完成后，然后治理南方。你可以登上宛委山，取得这本书。”说完就离开了。禹醒来，感觉有书册在手中，取火观看，都是红色的篆字。
第二天早上升帐，吩咐左右，各自准备锄锹使用。下令说：“从帝都开始开通九州（青、徐、荆、扬、兖、豫、冀、雍、梁），用绳子牵引标准，作为规矩，不致使其错乱。其次疏通九州的水道（弱、汉、江、河、淮、泗、济、洛、汭），测量九山（会稽、衡、嵩、岳、岱、沂、华、霍、恒）。陆路乘车，水路乘船，泥路乘橇，山路乘檋（把铁锥放置在鞋底下，上山不会跌倒）。”禹治理江北的诸多水流，都不是十分费力，只有淮水治理起来非常困难。
一天，前往淮水岸边查看地势，看到一个水怪形状像大树，长十多丈，身体像黑漆，它的声音戛戛作响，浮在岸边，用身体触碰岸边，岸边都因此崩塌。禹召集本地的父老询问，老人说：“这叫支期巫，当天阴的时候就沉浮出没，掀起怪浪高数丈，毁坏百姓的房屋。”禹于是命令士兵数千，都拿着强弓硬弩，等它出现，登上高处射击它。第二天这个怪物果然浮出水面，士兵都登上山射击它，箭密集如雨，支期巫死在水中。禹看到水怪已经除去，下令三军动工挖掘壕沟。只见水流汹涌澎湃，越过岸边数丈。三军纷纷逃散。看到一只兽行走在水面，往来如飞，没有耳目，八首八足。禹询问各位父老，都不知道叫什么名字。也命令士兵射击它，没有一箭射中。禹叹息说：“天啊这是让我不能成功，大概是让这些百姓长久地和鱼鳖为伴了！”闷闷不乐不已。
这天夜里又梦见玄夷使者对他说：“这是天吴，不吃东西不会死，千年才死。我为你召唤庚辛之神来治理它。但需要用铁门四扇辅助，各长八尺，宽四尺，厚一尺。铁柱十六根，长一丈，各重八百斤。铸造好沉入水底，让一千士兵齐声呼喊，‘雕其骨，刻其脂，戕锣戕锣，委渚为夷。’仍然鸣金击鼓，来助长庚辛之神的威风，等到波浪平静就停止。”说完就离开了。禹记住他的话，命令军人按照方法铸造铁门铁柱，沉入水中，敲锣打鼓呐喊的声音，传到一百多里之外。只见阴云四处密布，怪风波浪拍打不停。不一会儿云开浪息，禹下令停止锣鼓，分拨疏通，十天就完成了。
禹非常高兴，到岷山，疏通开凿江流。到白帝城，看到那里悬崖峭壁，水门狭窄。命令军人用火焚烧，打不开。工人说：“不能做。”禹说：“岷山周围千里，只有这一条通道，如果不安置水流，它的危害比淮河的水还要大。如今暂时辛劳，就能永远安逸。你们不要阻拦。”这天夜里梦见神赐给他九头牛和黄龙来引导水流。第二天开工，岸崩塌如同雷声，上面起自西陵峡，中间是巫峡，下面到归峡为止，三峡共七百多里，顷刻之间就疏通了。至今西陵峡的峭壁，还有影子没有消失。所以人们都称他为神禹。一带的江流底部平整。禹于是向南登上宛委山，取来黄帝的《水经》观看。然后向南疏通云梦、洞庭、潇湘、沅沣、长酉、资、溆、渐九江，治理完成后，就向东疏通彭蠡、震泽、松江、娄江、东江三江。
在他向东疏通三江的时候，三次经过涂山氏的家门而不进去。涂山氏自从丈夫离开后，生的儿子四岁，名叫启。听说丈夫治水经过他家，抱着启出来看，启呱呱地哭泣。禹都不回头，不因妻子儿女扰乱他的心，只把测量水流治水作为紧急的事务。在外十三年，所到之处都是欢声载道，百姓用竹篮盛着饭，用壶装着汤来迎接。禹呼唤百姓告诉他们说：“如今洪水已经平定，粮食可以种植，必须辨别土地的颜色来耕种，你们从此可以安心了。百姓感谢。禹于是回朝复命。
却说舜帝设立朝会，聚集两班文武大臣，行拜舞山呼之礼完毕，问群臣说：“朕命令禹去治理水患，到如今已经十三年，不知道成效如何？”皋陶出班上奏说：“臣听说禹治水，三次经过家门而不进去，如此辛劳，怎么会不成功！”话还没说完，传奉官上奏禹治水回朝。舜帝急忙命令宣他进来。禹到了，在殿阶下拜伏，山呼万岁完毕，舜帝慰劳他说：“你离开十三年，朕没有一刻不在心里挂念。如今你治水，成功了吗？”禹叩头上奏说：“仰赖圣上的洪福，九州已经治理妥当，臣治理洪水很有秩序。从今以后，想必不会再有受害的情况了！”舜帝说：“你可以将治理的要点，详细说一遍，让朕知晓。”禹上奏说：“臣辞别陛下的那天起，从帝都开始，于是先开通九州，其次疏通九条道路，围堵九个湖泽，测量九座山。陆路乘车，水路乘船，泥路乘橇，山路乘檋。教导百姓挖地把水引到海里，驱赶蛇龙放到草丛里。水从地下流过，这就是江、淮、河、汉。险阻的水流已经远离，危害人的禽兽消失，然后百姓能够在平坦的土地上居住。百姓又得到低洼潮湿的土地来种植五谷，从此百姓能够有充足的食物了。”舜帝听了禹的上奏，非常高兴说：“皋陶之前说你治水勤劳，在外十三年，三次经过家门，不顾妻子儿女，不进家门。朕想如果不是怀着极大的诚心，怎么能做到这样？自从开天辟地以来，没有人有像你这样的功劳！”舜帝看着群臣说：“朕的儿子商均不成器，朕想要立禹来代替朕的位置，诸位爱卿认为怎么样？”群臣上奏说：“陛下洞察得非常明白，臣等愚昧，恳请陛下圣裁。”禹听到舜帝和群臣的话，惊恐害怕得汗流浃背，不敢回应，只是叩头而已。舜帝又看着禹说：“你应当努力成功，不要辜负朕的托付。”禹不敢说一句话。舜帝说：“你们暂且退下。”
一天，舜帝命令准备车驾向南出行，巡狩到苍梧之野，忽然身体染上寒疾，一病不起，不能乘车回朝。于是召禹和群臣到苍梧，后来娥皇、女英也到了。舜帝看到群臣都到了，召他们到卧榻前，各自叩头问安完毕，舜帝说：“朕出来南巡，突然染上风寒，没想到病情如此沉重，恐怕不能起身和你们众臣再商议朝政事务了。朕的儿子商均不成器，之前曾经和你们说过，朕驾崩之后，众臣可以立禹来代替朕的位置。各自应当遵守朕的嘱咐，不要有其他议论。”又召禹说：“你德行传播在国内，名声传遍天下，百姓都对你欢心，代替朕的位置，你要努力不要推辞。”禹只得唯唯诺诺地接受命令。舜帝呼唤两位后妃说：“朕承蒙先帝不抛弃，授予天下，又把你们两个嫁给我，这份恩情和仁德，没有报答的日子。只是朕继承皇位，不敢贪图安逸，如今使得天下安宁，都依赖二位爱卿在内辅助扶持。没想到一病到这个地步，自己知道没有起身的日子，不能和二位爱卿长久相伴。朕驾崩之后，天下授予禹。二位爱卿自己保重。”舜帝说完就驾崩了。在位六十一年，享年一百一十岁。娥皇、女英非常悲痛，泪水洒在竹子上，都变成了斑点痕迹。禹和群臣立即举行殡礼，把舜帝葬在九嶷山。众臣跟随两位后妃驾车回朝。禹回到家，就和妻子逃到阳城。众臣找到他，叩头下拜。禹说：“我德行浅薄见识粗疏，怎么能主宰天下？先帝况且有儿子商均，我怎么敢贸然承接大位！”皋陶说：“不遵君命，这是一罪。把万民交给不成器的人，这是二罪。如今不接受命令，致使天下没有君主，这是三罪。请您仔细考虑。”禹说：“承蒙您的教导，我实在不能胜任这个职位。”皋陶说：“不可太谦虚。天下不可一日没有君主，请上车驾。”禹见众臣逼迫，只得出发，众臣簇拥禹的车驾回朝。不知后事如何，再听下回分解。
胡五峰评论说：读五帝的书，然后知道圣人的恩泽惠及百姓之深远。后世有在一时立功，在一邦兴利的人，人们尚且追念恩德而祭祀他们。这几位圣人，对天下万世有功，都不能推立后裔，立宗子，建庙庭，在春秋四季享受天下的祭祀。唉！