在将奏疏拜发时，他竟会糊涂地愤然想道：“既然你要杀我，我就干脆把什么事情都说出来。也许我一说出来，你就不敢杀我了。”
在“奉旨回话”的奏疏中，他丝毫不引罪自责，反而为他与满洲议和的事进行辩解。他先把两年来国家内外交困的种种情形陈述出来，然后说他完全是奉旨派马绍偷出关议和。他说皇上是英明之主，与满洲议和完全是为着祖宗江山，这事情本来做得很对，但因恐朝臣中有人大肆张扬，所以命他秘密进行，原打算事成之后，即向举朝宣布。如今既然已经张扬出去，也不妨就此向朝臣说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯看了此疏，猛然将一只茶杯摔得粉碎，骂道：“该杀！真是该杀！”尽管他也知道陈新甲所说的事实和道理都是对的，但陈新甲竟把这一切在奏疏中公然说出，而且用了“奉旨议和”四个字，使他感到万万不能饶恕。于是他又下了一道手谕，责备陈新甲“违旨议和”，用意是要让陈新甲领悟过来，引罪自责。
陈新甲看了圣旨后，更加相信崇祯是要杀他，于是索性横下一条心，又上了一封奏疏，不惟不引罪，而且具体地指出了某月某日皇上如何密谕、某月某日皇上又如何密谕，将崇祯给他的各次密诏披露无遗。他误以为这封奏疏会使崇祯无言自解，从而将他减罪。
崇祯看了奏疏后，从御椅上跳起来，虽然十分愤怒，却一时不能决定个妥当办法。他在乾清宫内走来走去，遇到一个花盆，猛地一脚踢翻。走了几圈后，他回到御案前坐下，下诏将陈新甲立即逮捕下狱，交刑部立即从严议罪。
当天晚上，崇祯知道陈新甲已经下到狱中，刑部正在对他审问，议罪。他忽然想到自己的多次手诏，分明陈新甲并没有在看过后遵旨烧毁，如今仍藏在陈新甲的家中。于是他将吴孟明叫进宫来，命他亲自率领锦衣旗校和兵丁立即将陈家包围，严密搜查。他想着那些秘密手诏可能传到朝野，留存后世，成为他的“盛德之累”，情绪十分激动，一时没有将搜查的事说得清楚。吴孟明跪在地上问道：“将陈新甲的财产全数抄没？”
“财产不要动，一切都不要动，只查抄他家中的重要文书。尤其是宫中去的，片纸不留，一概抄出。抄到以后，马上密封，连夜送进宫来。倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，定要从严治罪！”
吴孟明害怕查抄不全，皇上对他生疑，将有后祸，还怕曹化淳对他嫉妒，他恳求皇上命曹化淳同他一起前去。崇祯也有点对他不放心，登时答应命曹化淳一同前去。
当夜二更时候，陈新甲的宅子被东厂和锦衣卫的人包围起来。曹化淳和吴孟明带领一群人进入宅中，将陈新甲的妻、妾、儿子等和重要奴仆们全数拘留，口传圣旨，逼他们指出收藏重要文书的地方。果然在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。曹化淳和吴孟明放了心，登时严密封好，共同送往宫中，呈给皇帝。
崇祯问道：“可是全在这里？”
曹化淳说：“奴婢与吴孟明找到的就这么多，全部跪呈皇爷，片纸不敢漏掉。”
崇祯点头说：“你们做的事绝不许对外声张！”
曹化淳和吴孟明走后，崇祯将这一包密诏包起来带到养德斋中，命宫女和太监都离开，然后他打开包封，将所有的密诏匆匆忙忙地看了一遍，不禁又愧又恨，愧的是这确实是他的手迹，是他做的事；恨的是陈新甲并没有听他的话，将每一道密诏看过后立即烧毁，而是全部私藏了起来。他在心中骂道：“用心险恶的东西！”随即向外间叫了一声：
“魏清慧！”
魏清慧应声而至。崇祯吩咐她快去拿一个铜香炉来。魏清慧心中不明白，迟疑地说：
“皇爷，这香炉里还有香，是我刚才添的。”
“你再拿一个来，朕有用处。”
魏清慧打量了崇祯一眼，看到他手里拿的东西，心里似乎有点明白，赶快跑出去，捧了一个香炉进来。崇祯命魏清慧把香炉放到地上，然后把那些密诏递给她，说：“你把这些没用的东西全部烧掉，不许留下片纸。”
魏清慧将香炉和蜡烛放在地上，然后将全部密诏放进香炉，点了起来，小心不让纸灰飞出。不一会儿，就有一股青烟从香炉中冒出，在屋中线绕几圈，又飞出窗外。崇祯的目光先是注视着香炉，然后也随着这股青烟转向窗外。他忽然觉得，如果窗外有宫女和太监看见这股青烟，知道他在屋内烧东西，也很不好。但侧耳听去，窗外很安静，连一点脚步声也没有，放下心来。魏清慧一直等到香炉中不再有火光，也不再冒烟，只剩下一些黑色灰烬，然后她请皇上看了一下，便把香炉送出。她随即重回到崇祯面前，问道：“皇爷还有没有别的吩咐？”
崇祯将魏清慧从上到下打量了一番，不禁感到，宫里虽有众多妃嫔，像这样机密的事却只有让魏清慧来办才能放心。魏清慧心里却很奇怪：皇上身为天下之主，还有什么秘密怕人知道？为什么要烧这些手诏？为什么这样鬼鬼祟祟，害怕窗外有人？但是她连一句话也不敢问，甚至眼中都没有流露出丝毫疑问。崇祯心头上的一块石头放下了，想着魏清慧常常能够体谅他的苦心，今夜遵照他的旨意，不声不响地把事情做得又快又干净，使他十分满意。他用眼睛示意魏清慧走上前来，然后他双手拉住了她的手。魏清慧顿时脸颊通红，低头不语，心头狂跳。崇祯轻轻地说：“你是我的知心人。”
魏清慧不晓得如何回答，脸颊更红。突然，崇祯搂住她的腰，往怀中一拉，使她坐在自己的腿上。魏清慧只觉得心快从口中跳出，不知是激动还是感激，一丝泪光在眼中闪耀。这时外边响起了脚步声，而且不止一个人的脚步声。魏清慧赶紧挣开，站了起来，低着头不知如何是好。这时帘外有声音向崇祯奏道：“承乾宫掌事奴婢吴忠有事跪奏皇爷。”
崇祯望了魏清慧一眼，轻声说：“叫他进来。”
魏清慧便向帘外叫道：“吴忠进来面奏！”
崇祯一下子变得神态非常严肃，端端正正地坐着，望着跪在面前的吴忠问道：“有何事面奏？”
吴忠奏道：“启奏皇爷：田娘娘今日病情不佳，奴婢不敢隐瞒，特来奏明。”
“如何不好啊？”
“今日病情十分沉重，看来有点不妙。”
崇祯一听，顿时脸色灰白，说：“朕知道了。朕马上去承乾宫看她。”
在太监为他备辇的时候，崇祯已经回到乾清宫西暖阁。发现在他平时省阅文书的御案上，有一封陈新甲新从狱中递进的奏疏。他拿起来匆匆看了一遍。这封奏疏与上两次口气大不一样。陈新甲痛自认罪，说自己不该瞒着皇帝与东虏暗主和议，请皇上体谅他为国的苦心，留下他的微命，再效犬马之劳，至于崇祯如何如何密谕他议抚的话，完全不提了。崇帧心中动摇起来：究竟杀他还是不杀？杀他，的确于心不忍，毕竟这事完全是自己让他去干的。可是不杀，则以后必然会泄露和议真情。
正想着，他又看见案上还有周延儒的一个奏本。拿起一看，是救陈新甲的。周延儒在疏中说，陈新甲对东虏暗主和议，虽然罪不容诛，但请皇上念他为国之心，赦他不死。又说如今正是国家用人之时，杀了陈新甲殊为可惜。崇祯阅罢，觉得周延儒说的话也有道理，陈新甲确实是个有用的人才。“留下他？还是不留？”崇祯一面在心中自问，一面上辇。
在往承乾宫去的路上，他的心又回到田妃身上。知道田妃死期已近，他禁不住热泪盈眶心中悲叹：“难道你就这么要同我永别了么？”
他的辇还没有到承乾宫，秉笔太监王承恩从后面追上来，向他呈上两本十万火急的文书。他停下辇来拆看，原来一本是陕西秦王的告急文书，一本是西安封疆大吏联名的告急文书，都是为着潼关被围的事，流贼势大，潼关守军士气低迷，恐怕不能固守，一旦潼关有失，整个陕西即将不保，请求皇上速发救兵。
崇祯的心中十分焦急，感到潼关的事确实要紧。万一潼关失守，局势将不堪设想。他也明白潼关的存亡，比田妃的病和陈新甲的事，要紧得多。他的思想混乱，在心中断断续续地说：
“潼关被围，真是要命……啊，潼关！潼关！……左良玉已经发兵了么，难道……竟然一筹莫展？”
田妃的病情到了立秋以后，更加不好，很明显地一天比一天接近死亡。据太医们说，看来拖不到年底了。在三个月前，崇祯接受太医院使的暗中建议和皇后的敦促，命工部立即在钦天监所择定的地方和山向为田妃修建坟墓，由京营兵拨一千人帮助工部衙门所募的工匠役夫。如今因田妃病情垂危，工部营缮司郎中亲自住在工地，日夜督工修筑。田妃所需寿衣，正在由宫内针工局赶办。直到这时，崇祯对救活田妃仍抱着一线希望。他继续申斥太医们没有尽心，继续向能医治田皇贵妃沉疴的江湖异人和草野医生悬出重赏，继续传旨僧道录司督促全京城僧、道们日夜为田妃诵经，继续命宣武门内天主堂西人传教士和中国的信教男女为田妃虔诚祈祷，而他自己也经常去南宫或去大高玄殿或英华殿拈香许愿……
崇祯皇帝在这样笼罩着愁云惨雾的日子里，陈新甲的问题又必须赶快解决。近半个多月来，有不少朝臣，包括首辅周延儒在内，都上疏救陈新甲。许多人开始从大局着眼：目前对满洲无任何良策，而中原又正在糜烂，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，将会使“知兵”的大臣们从此寒心，视兵部为危途。朝臣中许多人都明白对满洲和议是出自“上意”，陈新甲只是秉承圣旨办事。他们还认为和议虽是下策，但毕竟胜于无策。倘若崇须在这时候将陈新甲从轻发落，虽然仍会有几个言官上疏争论，但也可以不了了之。无奈他想到陈新甲在“奉旨回话”的疏中说出和议是奉密旨行事，使他十分痛恨。陈新甲的奏疏他已经“留中”，还可以销毁，可是如果让陈新甲活下去，就会使别人相信陈新甲果是遵照密旨行事，而且陈新甲还会说出来事情的曲折经过。所以当朝议多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，而且要快杀，越快越好。
到了十一月中旬，刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，都没有可死之款。崇祯将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫正殿，在地上跪了一片。他厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审。不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾。三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”
刑部尚书声音战栗地说：“请陛下息怒！臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪。故臣等……”
崇祯怒喝道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失开封、襄阳，周王与襄王等亲藩七人被贼杀害，难道不更甚于失陷城寨么？难道不该斩么？”
左都御史战栗说：“虽然……”
崇祯将御案一拍，说：“不许你们再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪！下去！”