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顾准与顾秀林在思想层面存在诸多差异，具体体现如下：
经济理念：
顾准是中国社会主义市场经济理论的先驱，1956年就开始研究商品货币和价值规律在社会主义经济中的地位问题 ，他在《试论社会主义制度下商品生产和价值规律》中指出，计划体制无法完全消灭商品货币关系和价值规律，主张以市场价格的自由涨落调节生产，为中国日后的市场经济发展奠定理论基础。
而顾秀林在思想上属于“极左”，其对市场经济持有异议，她更推崇计划经济模式，强调国家对经济的全面把控，认为市场经济是错误的模式。
对西方经济制度的态度：
顾准对西方经济制度进行了深入剖析，认可西方市场经济在资源配置、激发创新等方面的积极作用，倡导中国合理借鉴，推动自身经济发展与改革。
顾秀林则对西方经济制度充满彻底的质疑和否定，着重批判西方经济制度的剥削性与掠夺性，坚决抵制中国学习西方经济模式，尤其是反对市场经济。
学术研究方向：
顾准的研究领域广泛，涵盖会计学、经济学、政治学和哲学等。他在会计学领域成就斐然，出版多部专业着作，如《银行会计》是中国第一本银行会计教材 ；在经济学方面，其市场经济理论对中国经济体制改革影响深远；在历史和哲学研究中，也有着独特见解，《希腊城邦制度》《从理想主义到经验主义》体现了他对人类文明发展和政治哲学的深度思考。
顾秀林主要集中于农业经济、发展经济学以及社会文化批判等领域，反对全球化，关注食品安全（特别是转基因食品）等问题，在食品安全上大量引述阴谋论
对科学技术应用的看法：
顾准秉持科学理性精神，对科技发展持开放态度，认为科技是推动社会进步的重要力量，积极鼓励将科学技术应用于经济建设和社会发展中，推动生产力提升。
顾秀林则对部分科学技术应用存在诸多顾虑和反对，尤其在转基因技术方面，她坚决反对转基因农业技术应用，认为转基因作物无论是作为食物还是饲料，都会干扰和破坏动物或人的生命结构，破坏生态平衡 ，她甚至反对现代医学和疫苗，认为这些都存在安全隐患。
对传统与现代的态度：
顾准倡导以现代市场经济和科学理性精神改造传统社会，推动中国现代化转型，主张打破传统束缚，积极吸收现代文明成果，实现社会进步。
顾秀林虽也关注中国发展，但更注重从传统文化中挖掘价值，对现代化进程中的一些现象持保留态度，担忧传统价值观在现代化浪潮中丧失，比如她推崇原始农业，反对现代农业中部分依赖工业化和科技的发展模式。
学术研究方法：
顾准做学问注重实证研究与理论分析结合，通过观察和分析实际经济现象，获取一手资料，进行严谨的理论推导和论证，提出建设性理论观点，为经济发展提供理论指导。
顾秀林在研究中更倾向从宏观社会、文化角度出发，以传统文化的视角解读经济和社会问题，她的观点常与主流学术界截然不同。例如，她从哲学和生态中心主义等角度反对转基因技术，缺乏科学实验依据的支撑。
对国际经济秩序的观点：
顾准主张中国积极融入国际经济体系，利用国际市场和资源，加强国际经济合作，在全球经济发展中实现自身发展，提升国际竞争力。
顾秀林则批判当前国际经济秩序的不公平性，认为强国在其中占据主导。
对民间经济活力的看法：
顾准重视民间经济活力，认为应给予民间经济充分发展空间，减少不必要的行政干预，发挥市场主体积极性和创造性，激发市场活力，促进经济多元化发展。
顾秀林更强调国家对经济的主导作用，担心民间经济的过度发展，主张国家加强对经济的管控和调节。
对经济全球化的态度：
顾准以前瞻性的国际视野，一定程度上肯定经济全球化带来的机遇，鼓励中国积极参与国际分工与合作，在全球化进程中获取资源、技术和市场，实现经济快速发展。
顾秀林对经济全球化持则反对态度，认为经济全球化背后隐藏着西方国家的经济侵略和文化渗透。
学术影响力：
顾准的思想在改革开放后得到广泛传播和重视，对中国经济理论和实践发展起到重要推动作用，是中国思想解放和经济改革的先驱之一，众多学者受其思想影响，其理论为中国经济体制改革提供重要理论依据。
顾秀林的观点在学术界完全没有影响力，其观点在社会上则引发不少争议，她的影响力主要集中在特定领域和关注相关议题的群体中，其反对转基因等观点因缺乏科学依据，未得到主流科学界的认可 。
对计划经济与市场经济的态度：
顾准在20世纪50年代就突破当时主流观念束缚，指出社会主义制度下商品生产和价值规律依然存在并发挥作用 ，肯定市场经济在资源配置和激发经济活力方面的积极作用，主张让市场在经济运行中发挥调节作用。
顾秀林推崇计划经济，认为计划经济能更好地保障经济的有序发展和社会公平，对市场经济持激烈批判态度，强调国家对经济全面把控。
对国际合作与交流的态度：
顾准具有开放的国际视野，鼓励中国积极开展国际合作与交流，引进国外先进技术、经验和资金，参与国际分工，在国际竞争与合作中实现自身发展。
顾秀林对国际合作与交流相对谨慎，更关注合作中可能存在的风险，担心与外界的交流开放会导致危险。
对社会变革的路径选择：
顾准主张通过渐进式的改革推动社会发展，在尊重既有社会秩序和制度框架的基础上，逐步引入市场机制和现代管理理念，实现经济体制和社会结构的转型。
顾秀林则更倾向于从社会意识形态和文化层面入手，通过回归上世纪六十年代的价值观和社会文化，来推动社会变革，认为这是实现社会可持续发展的关键。
对知识分子使命的认知：
顾准认为知识分子应秉持独立思考和批判精神，勇于突破传统观念，为社会进步提供新的思想和理论支持，以理性和科学的态度推动社会变革。
顾秀林则强调崇拜政治名人，不允许个人对权威提出质疑。
对历史发展规律的看法：
顾准运用历史唯物主义的方法，分析不同国家和地区的历史发展进程，认为历史是在生产力与生产关系、经济基础与上层建筑的矛盾运动中前进的，强调经济因素在历史发展中的基础性作用。
顾秀林则更注重从文化、宗教和意识形态等非经济因素来解读历史，认为这些因素在塑造历史进程和社会发展方向上起着决定性作用。
对科学技术与人文关系的认识：
顾准重视科学技术对社会发展的推动作用，认为科学技术是生产力发展的重要动力，同时也强调人文精神对科学研究的引导和规范作用，主张两者相互促进、协调发展。
顾秀林更加强调传统人文精神的主导地位，担心科学技术的过度发展会导致人文价值的失落，对科学技术的应用持负面态度，强调要以传统人文价值观来约束科学技术的发展。
对未来社会发展模式的构想：
顾准构想的未来社会是一个高度现代化、市场化和国际化的社会，经济繁荣，科技发达，人们的物质生活和精神生活都得到极大丰富，社会充满活力和创新精神。
顾秀林则更倾向于建立一种“极左”的意识形态社会，注重传统文化的传承和保护。
对学术研究目的的理解：
顾准进行学术研究旨在探索真理，揭示经济社会发展的内在规律，为解决现实问题提供理论依据和指导，推动国家和社会的进步。
顾秀林的学术研究更侧重于表达自己对社会现象和问题的观点与看法，通过学术研究引起社会对某些问题的关注和反思，促进社会变革。
对个人与集体关系的处理：
顾准强调在集体中发挥个人的主观能动性，尊重个人的创新和独立思考能力，认为个人的发展能够为集体带来活力和进步，同时集体也应为个人发展提供平台和保障。
顾秀林更注重集体利益的优先性。
对经济发展与环境保护关系的认知：
顾准关注经济发展对环境可能产生的影响，但认为可以通过技术进步和合理的政策引导来实现经济发展与环境保护的平衡，主张在发展经济的过程中逐步解决环境问题。
顾秀林则批判当前经济发展的方式，多次强调要从根本上改变经济发展模式。