朱由校轻点了一下头后，朝方从哲三人问道：“三位阁老以为如何？”
问这话的时候，朱由校很遗憾没有将毕自严这个户部尚书叫过来一起开会。
三人中，只有李长庚有过地方从政经验，而且还是纯行政官，虽有山东巡抚的经历，但时间过于短暂而且没有参加过任何的实战，对于地方军事虽说不上一窍不通，但也只比另外两人好一些，而这也更加坚定了朱由校在以后的内阁与六部尚书挑选中优先有地方督抚的经验。
方从哲与徐光启这两个词臣面对皇帝的问询，虽然心里很想反对，但一时不知从何反对起，毕竟这些想法可都是从对边事与地方政务知根知底的熊廷弼口中说出。
两人简单对了下眼神后，便一同望向了李长庚，希望这个李长庚能给出合适的反对意见。
“回陛下，臣以为大司马的建议不仅符合大明现在的国情，而因时废立卫所也符合大明未来的发展方向！”
李长庚的话音刚落，方从哲与徐光启两人这才突然想起他和熊廷弼不仅是老乡，还是同一个党派，心里不禁一阵暗暗叫苦。
“回陛下，臣附议！”相比方从哲，徐光启的立场并没有那么强烈，见形势朝不可逆的方向发展，便干脆附和了李长庚的回答。
方从哲见此，在心中大骂了三人一声后回道：“臣附议！”
朱由校心情大好，笑着朝还跪在地下的众人说道：“那好，镇边府与保安府之议便如此定了，卫所军官不得世袭，军官从禁军与边军中立过功的将士中优先挑选，同时所有军官不得世袭，军屯的屯户除了有闲时练兵与战时作战的义务外，其它同普通百姓一样，不准搞歧视。
至于其它的，以后在执行过程中发现了问题，咱们再来商议，诸位爱卿平身吧！”
待众人平身后，熊廷弼再次躬身开口道：“启奏陛下，臣有本奏！”
“准奏！”朱由校不明白熊廷弼怎么会突然有问题。
熊廷弼躬身行了一礼后，这才重新开口道：“谢陛下，除了刚才提到的辽东、直隶、山东、宣大等地设立保安营外，中原及其它边关布政司是否也要现在开始就全面裁撤卫所，从而开始设立保安营？”
熊廷弼问这个问题，是想确立镇边府、保安府与卫所的设立及裁撤进度，从而避免出现差错。
面对熊廷弼的询问，朱由校想了片刻后回道：“江东与江北目前已经完成了卫所与灶户的裁撤，江西、浙江、福建、河南、广东等汉人集中的布政司在隆武四年的时候可全面裁撤卫所，从而成立保安营。
至于山西、湖广、广西、江西等仍有不少少民聚居的地方，在设立保安营的同时，也适当保留卫所，争取隆武五年前完成调整。
至于陕西、四川、贵州、云南等少民占据主导或较大比重的布政司，在抓紧设立保安营的同时，与少民杂居的大部分地方仍继续保留卫所，并鼓励汉民开拓新的耕地！”
想到镇边营的变革时间还没有确定，朱由校便继续接着说道：“至于镇边营的变革时间，辽东、直隶、山东、宣大、大宁、归化、两广要在隆武四年完成调整，而四川、贵州、延绥、甘肃、陕西、宁夏等地的镇边营与暂时设为保安营的镇边营要在隆武五年时调整完毕！”
熊廷弼行了一礼后答道：“臣明白了，不知现有的各军镇总兵是否也要做对应的调整，有些军镇总兵要降为副将，肯定会给一些战功卓着的将领带来不满！”
朱由校在心中将十多位总兵认真比较一番后，才给了最终的调整命令：“调大同镇总兵杨肇基为宁夏镇总兵，调延绥镇总兵黄守魁为大同镇总兵，调宁夏镇总兵赵光远为延绥镇总兵，侯世禄与祁秉忠对调，但祁秉忠挂总兵职衔。
另外，调朱燮元为兵部左侍郎总督宣大与归化军务，调亓诗教为右副都御史总督浙江与福建军务、政务，调孙承宗为兵部尚书总督陕甘军务，并继续兼着东阁大学士与太子太师。
撤掉云贵川总督，调任王在晋为四川巡抚，调武之望为右佥都御史巡抚山西、施凤来为山西左布政使，并将福建巡抚商周祚与江北巡抚温体仁进行对调！”
随着开海已经两年，东南沿海的重要性越来越突出，虽然海军第二与第四营清除了沿海比较猖狂的几股海盗，但仍有不少规模比较小的小海盗仍在沿海横跳。
此外，尼德兰、大小弗朗机与英吉利的船只越来越多，必须要加强对这些地方的管控。
至于为何是调亓诗教这个又臭又硬的前左都御史，一个是他与东南的士绅不太对付，他们无法尿到一壶去，另一个则是朱由校较想调去的人选朱燮元却是浙江山阴人，这个必须得避嫌。
而几个总兵的调动，则是正常的轮换，顺便根据职级调整一下。
至于为何不把孙承宗调回京城，则是因为内阁现在已经有了一个词臣出身的帝师了，并且内阁三个大学士中有两个几乎没有任何地方从政经验，朱由校又不可能将徐光启这个科技大佬下放到地方担任督抚，因为那样会是严重的浪费。
至于方从哲与李长庚两人，一个是身为百官之首的首辅，不可能下放地方，而且朱由校暂时还没有放弃他的打算。
李长庚嘛，虽然入阁的时间太短，但目前的内阁三人组合中，最敢于办事与能于办事的就是他，好不容易在朝中树立起来的另一股政治势力，朱由校自然不会轻易外放出去。
此外，朱由校觉得内阁总人数必须是奇数，不是朱由校喜欢三这个数字，而是因为三角才能更稳，政治势力亦是如此。
一边倒不行，那样文官们的注意力都会放在如何对付朱由校这个皇帝，两边势均力敌也不行，那样只会形成历史上导致亡国的几次知名两派党争，而三方形成势均力敌后，不仅朝堂上没了不是你死就是我活的党争，而且还形成了一股良性竞争，争相在皇帝面前表现。