除了这些事情之外，最重要的就是张居正在奏疏中陈述的改革赋税的办法，朱载坖看过了，其实已经很接近一条鞭法了，朱载坖当然那很清楚，这种改革确实是有好处的，尤其是配合清丈田亩和清退投献等事，这样的效果但是很明显的。
但是朱载坖担心的还是折色问题，只要折色，百姓肯定会遭受二次盘剥，朱载坖就此事和阁臣们商量起来，折色与否确实是个问题，从朝廷的角度来讲，折色确实是很好的一条路子。因为折色银的运输很方便，而且现在朝廷对于银两的需求也是很大，军饷、官俸等都需要折色支付。
而若是百姓继续缴纳本色，大量的粮食等物在运输途中就损耗了，而且即便是运输到京师，从京师再向九边转运也是很困难的。所以从朝廷的角度，征收折色是很划得来的事情。
但是朱载坖并不这样认为，首先一味的征收折色，对于地主和商人有利，对于普通百姓来说是极为不利的，容易造成谷贱伤农的事情发生，还有一个问题就是京师和九边都需要大量的粮食，尤其是京师，要供养京营和亲军诸卫这数十万大军，首先必不可少的就是粮食，一味征收折色也是造成京通仓储存减少的重要原因。
所以朱载坖认为不能征收折色，至少不能直接向百姓征收折色，防止商人和士绅们联手利用价格来伤害普通百姓，这是朱载坖很清楚的一点这一点不能动摇。
阁臣们经过商量之后，认为只有两种办法，一是直接征收本色，但是这样一来对于朝廷来说损失太大了，毕竟现在朝廷的开支不可能全部以本色支出，大部分都是折色，二就是改折部分，由朝廷出银子在收获的时候在东南出银子收购粮食，稳定粮价，不允许出现谷贱伤农的事情。
朱载坖对于第二个方案表示同意，全部收本色也是不现实的，赋税折银是大趋势，毕竟日后朝廷的主要开支就是以银来支付的，全部征收本色对于朝廷来说是极为不合算的，而且其中也会滋生很多腐败，但是百姓的利益必须得到保证，由朝廷或者内府出面收购粮食，其实就是制定一个最低粮食价格，在粮食收获和缴纳赋税的这个阶段，防止士绅们和商人勾结起来，打压粮价，盘剥百姓。
同时朱载坖还提出了一个新的概念，就是火耗归公，所谓火耗就是地方官府在征收税银的时候，会以耗损为由，多征钱银。但是大明对于这个火耗到底该征多少，并没有一定之规，全凭地方州县衙门的良心了，朱载坖的意思是将这部分火耗制定成规，多余的部分就用于维持地方州县衙门的日常运行和给官员、差役们增加部分收入，将附加税改为法定正税，这样的话，尽可能的减少官员随意加征火耗，减轻百姓的负担。
朱载坖的这个想法倒是使得阁臣们眼前一亮，说实话，大明的官俸确实是不高，七品知县年俸仅45两。州县官员不能借以维持生活。于是有所谓火耗。火耗又称“耗羡”、“羡余”是正税之外无定例可循的附加税，也是默许州县官在收税时加征银两。朝廷当然是早就知道的，但是朱载坖这次准备将火耗加以规范，全部留存地方使用。
主要用以维持地方官府的开支和增加官员和胥吏的待遇，朱载坖特意要求给这些小吏也要增加待遇，朱载坖很清楚，残害百姓最厉害的就是这帮小吏，因为他们与百姓打交道是最多的，而且这些胥吏的待遇极低，他们就会更加疯狂的从百姓身上压榨油水的，所以朱载坖要求增加这些胥吏的待遇，尽可能的减轻了人民的额外负担，增加了外官的薪给，减少他们盘剥百姓的可能。
当然给了银子，你们要是还伸手，那就怪不得朱载坖挥刀了。
对于朱载坖的这个想法，阁臣们认为可以与赋役改革一道在东南先试行，以观成效。最后一件事情就是眼下朝廷应该怎么处理此事了，蔡国熙遇刺，这可是大事，朝廷不能不作出反应，除了严令张居正、谭纶继续严查此案之后，朱载坖还下令升直隶巡按御史杨继盛为右佥都御史兼南直隶按察使，赴苏州慰问蔡国熙兼督办本案。
朱载坖还向蔡国熙赐药，手诏慰问蔡国熙。赐飞鱼服，同时加派锦衣卫保护蔡国熙，和内阁商定此事之后，徐阶等人就准备告退了。
徐阶临走的时候说道：“陛下既然已经应允册立太子，臣等即可知会礼部，准备相应的仪注了。”
朱载坖笑笑说道：“卿等既然如此心急，就如卿等之意吧。”
朱载坖原本不想这么快册立太子的，但是内阁和群臣多次请求，今日自己也说出了这话，朱载坖当然也不好在推辞了，就是应允了下来，册立皇长子朱翊釴为太子。
朱载坖批阅完奏疏后还为此专门去了坤宁宫一趟，将此事告知了皇后，李氏当然是十分高兴，虽然朱载坖是朱载坖的嫡长子，但是毕竟没有册立太子，李皇后的心还是有些悬起来的，现在朱载坖终于下令册立太子，此事也就算定下来了。
而隆庆元年也快走到尽头了。
隆庆元年的最后一天，在南京的张居正收到了朱载坖的上谕，对于张居正提出的赋役改革的方案基本予以同意，同时还有火耗归公一事，也令张居正在东南试行。
关于蔡国熙遇刺一案，朝廷也做了详细的指示，要求张居正、谭纶等人穷究此案，还有就是冯恩占据大量田产一案，也要详细查明回报。
张居正随即签发督师牌票，要求松江知府详查此案，回报督师衙署，同时再次严令谭纶继续剿灭太湖水匪，务必要将袭击蔡国熙的幕后黑手找出来，不查明此案，决不收兵！