9月24日，司徒刘方策免，自杀。
29日，汉和帝刘肇追尊自己的生母梁贵人为皇太后。10月19日，刘肇将生母梁太后、二姨大梁贵人改葬在汉章帝敬陵之西，称西陵。追谥梁太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派赚使前往汉阳郡迎丧，将外公改葬于西陵之旁。并征还梁竦家属。封梁竦的三个儿子梁棠为乐平侯、梁雍为乘氏侯、梁翟为单父侯，位皆特进，赏赐以巨万计。封大姨梁嫕的丈夫樊调为羽林左监。梁氏宗族无论亲疏，皆得补授郎官。梁氏从此由衰转盛，宠遇日隆，又种下未来一段祸根。
乘着这机会，汉和帝刘肇的三哥、清河王刘庆也开始为当年同样被窦皇后害死的自己的生母宋贵人请求恢复名誉，刘肇当然允许，下诏有关部门四时给祭。再下诏征还宋氏家属。宋衍、宋俊、宋盖、宋暹兄弟们作为刘庆的舅舅，全部补授郎官。
而窦氏兄弟中当年仅存的夏阳侯窦瑰，后来徙封罗侯。梁棠兄弟这次被从遥远的九真郡召回，路过长沙郡罗县时，竟专门找上门去，逼死窦瑰。而刘肇对此也不加查问。
11月8日，光禄勋吕盖升任司徒。12月1日，司空张奋罢官。7日，太仆韩稜升任司空。
本年，西域都护、定远侯班超派甘英出使大秦（今罗马）条支（今伊拉克境内）穷西海，皆前世所不至，莫不备其风土，传其珍怪。甘英使团一直来到安息（今伊朗）西界，在他们眼前的是一片大海（今波斯湾）然后，甘英他们听当地人说路途尚遥，便就此打道回府…
永元10年（98）3月28日，刘肇下诏整修各地的堤防沟渠。5月，京师洛阳大水。7月13日，司空韩稜去世。8月15日，太常巢堪升任司空。10月，五州雨水。
刘尚、赵世被弹劾畏懦怯战，下狱免官。由王信率刘尚之兵驻守陇西郡枹罕县、耿谭率赵世之兵驻守白石县。耿谭悬赏招诱，羌众陆续来归。势单力孤的迷唐遣使请降。王信、耿谭受降罢兵。12月，迷唐亲自率种人来到洛阳，朝见汉和帝。
20年前，汉宣帝玄孙、居巢侯刘般去世。按理爵位应由长子刘恺继承，可刘恺坚决要将爵位让给弟弟刘宪，飘然远去。10年后，有关部门上奏“既然刘恺不继承这个爵位，那就把这个侯国撤销了吧”当时在位的汉章帝刘炟特地下诏不许，以嘉其义。然而刘恺仍遁世不出。一眨眼又过了10年，有关部门再次上奏，请求撤封这个侯国。但侍中贾逵则上书建议不如就成全了刘恺让爵的这份心意。于是，汉和帝刘肇特地下诏，承认刘宪继承其父刘般的爵位为合法。而征刘恺入朝，封为郎官。
本年，南匈奴亭独尸逐侯鞮单于去世。其堂弟、湖邪尸逐侯鞮单于之子檀继任为万氏尸逐鞮单于。
永元11年（99）2月，刘肇派使者巡行天下，让贫民们能进入山林池泽中渔采，免收租税。3月18日，刘肇下诏：对天下刑徒免半刑。4月9日，大赦天下。
本年，刘肇在朝会时召见诸儒生，命中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人相难数事。最后刘肇同意鲁丕的观点，退朝之后，特赐衣冠。
永元12年（100）2月，牦牛徼外白狼、娄薄夷率种人内属。
2月，刘肇下诏给受灾郡国的百姓贷给种粮。允许流民及鳏寡孤独等社会弱势群体入陂池渔采，以助蔬食。3月14日，刘肇下诏：因灾赐爵。赐天下男子每人二级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟3斛。30日，赐在太学的博士员弟子每人布3匹。
4月，日南郡象林蛮夷反叛，被郡兵平定。
闰5月，刘肇下诏给敦煌、张掖、五原三郡的贫民贷谷。17日，南郡秭归县山崩。6月，颍川郡舞阳县大水。刘肇下诏赐受水灾的贫民每人谷3斛。7月1日，日食。
9月9日，太尉张酺罢官。17日，大司农张禹升任太尉。
11月，西域蒙奇、兜勒二国遣使内附。汉和帝刘肇赐其王金印紫绶。
迷唐数降数叛之后，他的烧当羌族部落已不满二千人，且饥窘交迫，当时曾允许其暂居金城郡。本年，刘肇命迷唐率其部落返回大小榆谷。迷唐却想“榆谷附近，汉人已造河桥，往来甚便。我一旦再叛，如何防守得住”便以种人饥饿为名，不肯远归。护羌校尉吴祉于是就给了迷唐很多金帛，让他可以购买谷物牲畜，但必须尽快出塞，离开大汉境内。这下，迷唐再也装不下去了，于是联络湟中诸胡，再次反叛。王信、耿谭、吴祉等人皆受其牵连，被罢官。
永元13年（101）1月30日，汉和帝刘肇幸东观，览书林，阅篇籍，博选术艺之士以充其官。
3月，刘肇下诏赈济张掖、居延、朔方、日南4郡贫民。8月，下诏赈济日南郡象林县贫民。
8月，迷唐回到赐支河曲，随即发兵攻打汉境。新任护羌校尉周鲔与金城太守侯霸调集诸郡汉、羌、胡兵共三万人出塞迎击。来到允川，未见敌踪。周鲔下令安营驻扎，派侯霸率兵深入。侯霸果然搜得迷唐巢穴，大破之，降者六千余人。迷唐只带数百残骑，远遁赐支河源头，投靠发羌部落。不久病死，其子来降，户已不满数十。
刘肇下诏：将那6000余降羌分徙汉阳、安定、陇西3郡。又因周鲔逗留不进，罢去其护羌校尉之职，改由侯霸接任。
8月，荆州雨水。9月9日，刘肇下诏免除今年一半的租赋。对贫民贷以种食。
11月，安息国遣使来献师子及条支大爵。
14日，刘肇下诏：命幽、并、凉诸州边郡，人口10万以上的，每年推举孝廉1人；5-10万的，每二年推举孝廉1人。5万以下的，每3年推举孝廉1人。
鲜卑侵犯右北平郡，之后又侵入渔阳郡。被渔阳太守击退。
26日，司徒吕盖因老病罢官。12月5日，光禄勋鲁恭升任司徒。
19日，南郡巫县蛮许圣因赋税不公，起兵反叛，攻打南郡。
永元14年（102）2月，安定郡降羌烧何种反叛，被郡兵平定。于是西海及大小榆谷的羌患暂时平息。刘肇接受隃麋相曹凤的上书建议，重新设置西海郡，封曹凤为金城西部都尉，驻守龙耆城。又在金城郡增广屯田，列屯夹河，共34部。5年多后的永初元年即将大功告成之际，不料羌族部落再次反叛，竟至中辍。
3月27日，汉和帝刘肇临辟雍，飨射，大赦天下。
4月，刘肇遣使者督率万余荆州兵，分道讨伐南郡巫蛮许圣的叛乱，大破之。许圣投降后，其众被徙置江夏郡。
10日，刘肇下诏赈济张掖、居延、敦煌、五原、汉阳、会稽等郡贫民。
5月7日，刘肇初置象林将兵长史。
这一年，汉和帝刘肇的后宫发生了一件大事：阴皇后因妒忌某人，玩弄巫蛊，想咒死对方。没想到对方没被咒死，事情反而被发觉了。于是刘肇废了阴皇后，软禁到桐宫…最后，阴皇后就在桐宫里抑郁而死…
阴皇后的曾祖父，是刘秀皇后阴丽华同父异母的哥哥。曾经显赫的家族，走到今天这一步，步了窦氏家族的后尘，实在让人唏嘘不已：这到底是什么样的一个女人，竟能把阴皇后pK下台？
阴皇后这个对手，名字叫邓绥，爷爷是邓禹、父亲是邓训。
为让大家对这两个对手有更直观的了解，需把她们各方面的条件都摆出来晒一晒：1阴、邓二家，势力旗鼓相当；2阴皇后头脑聪明，善长书艺；邓绥热爱读书，精通国学历史。学习能力相当。
前面都打了平手，关键在下面这第三、第四招。说起这第三招，阴皇后真的很伤感。因问题不出在她身上，而出在她老妈身上（顺便说一下：邓绥的母亲是阴丽华的侄女。如此算来，邓绥比阴皇后还要高一辈）邓绥身高七尺二寸(约172cm)，几乎就是刘秀当年的高度。而阴皇后身材短小，再加上邓绥气质天然纯朴，这一比，阴皇后就黯然无光了。
不过我们都知道：在后宫这种非人类居住之地，身材和脸蛋固然重要，但有一样东西更加重要：脑袋！要想在翻脸比翻脸还快的后宫站稳脚跟，除了貌美如花的脸蛋，还必须有鹰一样的眼、猴子一样的机敏、母狮一样的凶狠！
据说邓绥在后宫跟班昭学过历史。历史这玩意，我们是知道它的威力的。中国一部大历史，不是白与黑的较量，而是黑吃黑的阴暗史！学习它的好处，汉和帝刘肇最有收获，相信邓绥也很有体会，可偏偏阴皇后没有心得…于是这第四招，阴皇后就输在了综合素质上。一样有聪明的头脑，可阴皇后的智慧和权术，远远赶不上邓绥！
没有无缘故的成功，也没有无缘由的失败。此中道理，放之四海而皆准。邓氏家族之崛起，在N年前就被邓禹预测到了。邓禹生前曾说过这样的一句话“想当年，老子率百万之师纵横天下，却没杀过一个无罪之人。上苍不会忘记我的恩德，后裔中必有子孙崛起”
邓禹军事能力不行，但他有一样东西倍受刘秀欣赏。正因如此，对赤眉军打了败仗的邓禹，仍被刘秀定为“云台二十八将”之首。邓禹这个能力，就叫眼光！
在汉朝，一个家族的崛起，其标志就是看谁家的女儿能与刘氏皇族通婚，甚至当上皇后。成了皇后乃至太后，外戚就起来了。三姑六姨，七舅八叔，没有翅膀的也都能通通腾飞而起！
邓禹早就看出：天下很大，可地盘就那几大块。先是郭家，然后阴家代之而起。之后是马家。那马家之后会是谁呢？不是窦家，就是邓家或梁家。只要政治婚姻在，怎么轮也都能轮到我邓家女儿当皇后的那天！而这，就是邓禹能准确预测到邓家将再度崛起的全部秘密！