4月8日，刘秀来到长安。拜谒了西汉诸帝的园陵后，就命耿弇、盖延等七位将军出发，走陇道，去征伐公孙述！
请注意：刘秀部队要穿越的是陇山，而陇山是隗嚣的地盘。可刘秀却说我要打的是公孙述。这个话蒙别人可以，想蒙隗嚣？那就是污辱隗嚣的智慧了！熟悉兵法的人都知道：刘秀这招学名就叫——借道伐虢。刘秀是老江湖，隗嚣也是老江湖，谁也蒙不了谁。很明显，刘秀真正的目标不是公孙述，而是隗嚣！
接着，刘秀再下一道诏书，把表哥来歙喊来“你拿着我的诏书，再去见一下隗嚣。告诉他：我再给他最后一次机会。如他再顽固不化，就休怪我不客气了”
来歙老爹来仲娶了刘秀的姑姑，生下来歙。当年刘秀游学长安时，曾和来歙表哥交往甚多，关系较好。
可这个亲戚关系，差点害死了来歙表哥！刘秀兄弟在老家造反后，王莽在长安对刘氏宗亲进行了一番大搜捕。来歙就被抓了起来，后经宾客多方营救，终于把他从牢里拉了出来。一晃多年过去，来歙表哥也辗转多地，终于投奔了刘秀，被封为太中大夫。升了官的来歙主动请求刘秀派他任务。
当是时，刘秀诸将对隗嚣和公孙述甚为不放心，唯有来歙认为不值得发愁。他这样告诉刘秀“隗嚣家族造反时，本就先投了刘玄，可见他还是拥立汉室的。按我的看法，只要搞定隗嚣，公孙述就更不用愁了。当年在长安，我曾和隗嚣交好，所以让我去天水郡游说隗嚣，那是再合适不过了”刘秀深以为然，封来歙为特使，多次往来于天水郡和洛阳之间。老实说，来歙没能搞定隗嚣，他这个特使的成绩不是很理想。当然他也没白跑，正是经他连哄带吓，隗嚣才把儿子隗恂送到洛阳当人质的。
来歙拿着刘秀颁给隗嚣的最后一份诏书上路了。见到隗嚣，来歙开门见山地把刘秀的意思传达了。
但隗嚣看完诏书，却不紧不慢地道“莫急，让我想想，想好了再答复你”隗嚣这个再想想，就是几天过去了，一点回音都没。
来歙终于等得不耐烦了，主动来见隗嚣。一见面，来歙就大声喝道“陛下的话，我已给你说得很清楚了；他的诚意，你也看得很清楚了。你也曾遣子入侍，效忠国家。可现在却一推再推，到底是什么意思”来歙说着说着，就脑袋一阵冲血，不禁拔剑而起，直刺隗嚣，大吼道“如你想被灭族，就请直说。我替陛下来成全你”
隗嚣大惊，转身便逃。卫士将来歙围住。但来歙若无其事的，一手拿着符节，从容登车，也准备离去。但当来歙上车后，他已被彻底包围了！
隗嚣已下令：来歙既想玩狠的，今天就让他尝尝什么叫竖着进来，横着出去的滋味！
正当隗嚣的大将牛邯要下手时，却被另一个叫王遵的将军拦住了“诛杀来歙很容易，但这笔买卖很不划算：1来歙是刘秀的特使，还是刘秀的表哥。杀了他，刘秀就会借此兴兵问罪；2此时隗恂还在洛阳当人质。如杀了来歙，隗恂也将人头落地…无论怎么算，都是我们亏大”
最后，隗嚣只好放来歙返回洛阳。但他同时也下定了决心——与刘秀开战，较量到底！
5月21日，刘秀从长安返回首都洛阳。他前脚才进城，后脚就有一坏消息传来：隗嚣起兵造反了！
隗嚣造反第一战，是围剿陇山深处的汉军。他派王元在后面伐木，阻住退路，然后突然袭击！这一招够狠，耿弇、盖延等都被打得大败。在马武率精锐断后的情况下，众将才杀出重围。
消息很快传到洛阳。隗嚣先下手为强。既如此，刘秀只好出手了！这一次，刘秀决定必须扼住隗嚣的咽喉，直到他两脚抽筋，口吐白沫断气为止！
5月，刘秀下诏：陇西、天水、安定、北地郡的官吏百姓被隗嚣所误，三辅百姓遭赤眉之难，而有犯法不道者，一律赦免。
6月24日，刘秀下诏减并天下郡县，省减吏员。最后共省并400余县.吏职减损，十置其一。
6月，代郡太守刘兴出击卢芳的部将贾览，结果在高柳县战死。
夏天，乐浪太守王遵奉命攻打占据乐浪郡，不服汉命的王调。最后部下将王调杀死，开门迎接新太守。
夏天，李通率侯进、王霸二将在汉中郡治西城县击败公孙述的部队，之后回到南阳郡顺阳县屯田。王霸在弘农郡xA县屯田。
9月4日，刘秀下诏赦免乐浪郡谋反、大逆罪以下罪犯。
30日日食。刘秀接受朱浮上疏的意见，自是州牧、郡守易代颇简。10月11日，刘秀下诏让公卿们各推荐贤良方正一人，并求直言。11月，刘秀下诏：在王莽时代，不符合汉朝法律而沦为奴婢的官吏百姓，一律免为庶人。
12月27日，大司空宋弘免官。28日，刘秀下诏：此前因连年战争，用度不足，朕实行的是每十税一。如今天下渐定，粮食已足，当恢复三十税一的旧制。
刘秀认为：隗器陇山大胜后，必然会趁势东下。所以当务之急是要扼住隗嚣东出的几个重要关口，让他死都跑不出陇山范围。于是刘秀命耿弇驻军右扶风的漆县、冯异驻军栒邑县、祭遵驻军汧县、吴汉等将领全部坐镇长安…这是刘秀起兵以来，难得一见的豪华阵容！他手下最优秀的将领，几乎全挪到西边来了！刘秀仿佛要告诉隗嚣：这将是一个死无葬身之地的结局！
果不出刘秀所料，隗嚣首战大胜之后，12月，便派王元、行巡率二万余人出陇Sd下，王元打汧县、行巡则绕过漆县，直接攻打栒邑县！这实在是个天才的打法。从战术上看，汧县是蛇头、栒邑县是蛇尾，打头打尾，中间的漆县无暇顾及；从力量上看，猛人耿弇驻守漆县，避开这个战场疯子，直扑冯异，等于避实就虚，胜算极大…
但隗嚣这天才的打法，却碰上了天才的破阵高手！当冯异听到战场警报时，他下令拼命赶路！终于赶在行巡到来前，全部进城躲了起来。而对此一无所知的行巡还以为打的是座空城，结果被冯异大败。与此同时，在汧县的祭遵也大败王元。然后，北地郡豪长耿定等人纷纷背嚣降汉。
而打了胜仗的冯异一路向北杀进北地郡的义渠，在这里击败卢芳的部将贾览、匈奴奥鞬日逐王。于是北地、上、安定诸郡皆降。
隗嚣起兵后，窦融分别给刘秀和隗嚣写去了一封信，结果隗嚣根本没睬他。窦融写给刘秀的信是让自己的弟弟窦友送往洛阳的。可窦友刚走到安定郡治高平县时，就因隗嚣造反而道路不通，由席封走小路才将此信送到洛阳。刘秀对窦融、窦友兄弟赏赐甚厚。于是窦融集合河西五郡的兵马，再次向刘秀上书，双方约定日期共同攻打隗嚣。
窦融命梁统派人刺杀隗嚣一年半前派来游说自己的辩士张玄，正式与隗嚣绝交。发兵攻入金城郡，大败隗嚣之党先零羌封何，然后等待刘秀大军到来。刘秀特命右扶风太守修理窦融父亲的坟墓，祭祀用太牢。四方贡献的珍物，刘秀经常派使者转赐窦融。
这时，有另一个人坐不住了。他心急如焚，给刘秀上书“你们打得那么热乎，也别让我闲着，请让我上战场表忠心吧”
给刘秀来信的人是马援。马援护送隗恂到洛阳后，无所事事，随从又多，养这么一大班人不容易。于是他向刘秀请求，让他在上林苑****的老本行：开垦种地。
尽管马援人在上林苑田区，但隗嚣要造反的消息早就炒得沸沸扬扬了。马援曾几次给隗嚣写信，劝他回头是岸，然而隗嚣就是不睬他。等到隗嚣真正造反了，马援不得不向刘秀说明：造反之事与他无关。同时为表忠心，请允许给他一次见面的机会，陈述消灭隗嚣的策略…
刘秀立即召见马援。马援这样告诉刘秀“隗嚣就像一只百足大虫，要想把他踩死，必须先砍掉他的百足。如隗嚣部将高峻、任禹、杨广，及诸羌部落酋长。只要降服了他们，隗嚣自然死期不远矣”
马援之计甚合刘秀之意。刘秀当场拨五千突骑给马援前往前线，按以上名单，逐个去游说。
然而马援前脚才走，隗嚣后脚就给刘秀来信了。信中之意很值得玩味“陛下大军前来，我这里的官吏百姓闻讯后都惶恐不安，自发组军自救，我管也管不住。现在事情都搞成这样了，我准备亲自去把杀出陇山的那些部队叫回来。还请陛下能给我一次洗心革面的机会，我即使死了都感恩不尽”
刘秀看着这信，心里暗自发笑。把这信转给百官传阅。众人看后群情激动，集体向刘秀请求：隗嚣这老家伙太不要脸了。如我们不给他点颜色看看，打他回原形，他还真以为自己是个忽悠高手呢！所以我们建议：立即杀人质隗恂！
刘秀笑笑，没有答应。事实上，刘秀已想出了对付隗嚣的绝招。狐狸再怎么狡猾，终究只是狐狸，永远逃不出好猎手的追捕。而刘秀天生就是捕猎狐狸的高手！
刘秀让来歙又给隗嚣送去一封信“你想悔过自新这很好。不过为体现你的诚意，请麻烦你再送一个儿子来洛阳当人质。如你真送了，我保你安享晚年”最后刘秀又加了一句“不过如你想再忽悠我，就别给我回信了。我今年都36了，最讨厌别人的花言巧语了”
看到此信的隗嚣终于彻底绝望了。知道自己玩不过刘秀。他写这封信，挂名是请罪，其实就是想稳住刘秀，暂时让自己缓一口气。没想到还是被刘秀识破了！
现在他只有一条路——投奔公孙述，与刘秀抗争到底！
本年，刘秀下令罢免天下郡国的都尉官。
本年，刘秀下诏让各列侯就国。
本年，刘秀派刘飒于上次出使的六年之后再次出使匈奴，想重修旧好。结果呼都而尸道皋若鞮单于一面遣使奉贡，一面支持卢芳并寇暴如故。刘秀也派中郎将韩统返报。
建武7年（31）1月2日，刘秀下了两道诏书：一道将天下除犯死罪之外的罪犯全部赦免为庶人。另一道向天下提倡薄葬。
2月17日，刘秀下令罢免护漕都尉官。3月4日，刘秀下诏罢免天下各郡国的轻车(车兵)骑士(骑兵)材官(步兵)，让他们解甲归田，复伍回乡。
30日，日食。刘秀下诏求直言。郑兴上书建议刘秀垂范而治，不必事必躬亲。之后不久，刘秀曾与郑兴有一次谈及郊祀。刘秀因当年图谶助他当上了皇帝，所以他极其迷恋图谶之学，于是就对郑兴说“朕欲以图谶断之，如何”郑兴回答“臣不为谶”刘秀立即大怒“卿是要非谶吗”郑兴惶恐而答“臣对图谶之书未有所学，就是想非也没法非呀”刘秀这才放过了郑兴。