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机器大帝，因为尼奥在锡安虚拟世界引发的变数，而不得不活跃起来。
它的意志与作为母体管理员和代表的母体之父“设计师”、母体之母“祭师”紧密相连，因此它所做的一切，也可以看作是这两位大拿间接做的。
故而，最近一些时间母体之父的注意力基本上就存在机器大帝那一边的。
可是，现在意外的警报，让母体之父又再一次注意到了尼奥，那个失控的不稳定因素。
最近，这个尼奥似乎使用了不知名手段直接越过了防火墙，对母体进行入侵并直接从里面捞人。
这让母体之父已经多次升级了防火墙，这也使得尼奥入侵难度越来越大，或许也因此让尼奥意识到这样下去不行，这才回醒过来应该救墨菲斯了。
至于锡安虚拟世界？那个已经被尼奥控制了核心的虚拟世界，连机器大帝现在也只能被动了，更别提单单只是母体之父了。
说实话，尼奥的存在是必须的，但现在却成了一个难以处理的家伙。
若是能够销毁的话，母体之父早就自己动手了。
可惜不能，从电影原著中就可以得出这个结论来。
现在，尼奥要来救走人质墨菲斯了，母体之父也不知道应不应该全力派出人手去，毕竟他可是清楚这个救世主程序是如何觉醒的。
一旦打击过头了，把尼奥真的干掉了，反倒是会让尼奥觉醒成为真正的救世主程序的。
最后，母体之父决定不作为，先按照原本的计划来做算了，就当尼奥没有变异。
现在，母体之父因为把注意力放在机器大帝的新玩具上，对尼奥的在意程度下降了，否则这一次他或许当真会亲自出手了。
若是母体之父真的出手，哪怕杀不掉尼奥，把他关起来应该还做得到的。
尼奥现在还在攻击再攻击，他还不清楚母体之父对他的态度变化了，只是还以为自己是特殊的，所以他认真再认真，反而激发了潜力，在战斗中表现得越来越强。
这一次哪怕母体之父不出手，但是因为之前尼奥的作为，使得现在这边的防御力量远远超过了电影原著，真的打起来还是很吃力的。
崔妮蒂面对似乎源源不断跑出来的警察、保安和黑衣特工，她虽说也因为代码种子有所提升，可是还是打得相当的累。
三个地球人在此，就完全只是打酱油了。
指望三个新训练出来的家伙，能够发挥多少作用，尼奥也不会那么天真。
不过，尼奥之所以带他们来此，也是源于自己的直觉，总觉得这几个特殊的人类会帮助到他。
另一边，虽然被关了时间更为长久，比电影原著中要长得太多太多了，墨菲斯却也因为代码种子的原因，使得一般的手段无法使用到他身上，被保护得好好的。
现在一旦得到了机会，他自然就跟电影原著中一般趁乱挣断了手铐，成功逃了出来。
墨菲斯是真正的精英，黑衣特工根本不应该小看他。
所有的主力都派去对付尼奥了，看守墨菲斯的人甚至比电影原著中还来得少。
让墨菲斯得到逃跑机会的，自然还是像电影原者中一样的直升机。
当时忽然一声巨响，大楼的玻璃窗被打的粉碎，紧接着子弹如同瀑布般从窗外倾泻进来，这一驾警用直升机完全把黑衣特工们一时打懵了。
不过，尼奥现在正在防御大厦大厅与那些不断从各处赶来的母体方人手战斗，那么开警用直升机自然不会再是尼奥了。
崔妮蒂带着主动要求的高亮过来了，高亮扔下绳子及时把墨菲斯拉了上来。
可惜，墨菲斯还是受伤了。
救出了人后，直升机快速带着墨菲斯飞离大厦窗口。
“糟糕！”黑衣特工头目史密斯说道，“拦住他们！”
其他的黑衣特工们一齐奔向窗口，快得如同电光火石，直升机的油箱位置立刻被黑衣特工们射了个大洞，汽油倾泻而出。
“这飞机开不成了，我们必须马上迫降！”崔妮蒂说。
墨菲斯指指下面，说道：“停到地铁入口，马上联络坦克安排出口。”
直升机损毁严重，几乎是坠落在了马路边的地铁入口，城市已经禁严，没有一个行人。
“尼奥呢？”墨菲斯完全没有在意新面孔高亮，直接就对崔妮蒂问出了正题。
“他说，他有预感，必须要那里解决一个问题，所以我们不必等他。”崔妮蒂若有所觉的说道。
是的，尼奥似乎在母体中不断变化着，现在甚至能够从远处传递消息给崔妮蒂了。
此时，远处边战边退的尼奥，面对了命运中的宿敌，黑衣特工头目史密斯。
李雅和赵悠然，此时表情很不好看，因为她们之前打得太快乐了，居然一时忘记了剧情。
尼奥必须在这里死去，这中间可是有一段时间的空白，她们脸色惨白的开始逃跑。
尼奥看了一眼，没有多说什么。
或许是被尼奥吸引了所有的注意力，两个少女的逃跑只吸引了其他的黑衣特工的追击，并没有将史密斯吸引过去。
“安德森先生。”史密斯在尼奥面前站住，“想和我一对一么？”他声音充满了嘲讽。“不过有个坏消息要告诉你，我们的机械八爪鱼已经锁定了你们的飞船，正准备展开攻击呢。”
尼奥却笑道：“看来这段时间你并没有得到更多消息，我们现在完全不再怕机械八爪鱼了。”
不过，这并不影响他要与史密斯一对一的决心。
史密斯待他扑到跟前，忽然用肉眼无法看清的动作闪电般的将尼奥贯倒在地。他的动作根本没有任何逻辑可循，尼奥无论功夫再好都不可能抵御的了。
“人类想跟我斗，真是自不量力！”
可是还没等他念头转完，尼奥忽然就好像没事似的从地上弹了起来，紧接着闪电般的使出和史密斯刚才一样的动作，同样闪电般的将史密斯贯倒在地。
史密斯又惊又怒，立刻从地上弹了起来，使出了更凌厉的杀人方法，但尼奥似乎已经从刚才的攻击中嗅到了一丝破绽，虽然每次都被击中，但总能避开要害，而且立刻就能模仿史密斯的动作还之彼身。
[主世界，地球，天河大厦]
地球的神秘侧一直没有得到调查小队传来的消息，终于察觉到调查小队的失踪。
他们虽然没有直接做出新的行动，可是隐约在天河大厦周围设了观察点，对这里进行监视。
基于本能，凶灵刘结草一时停止了人类猎杀行动，甚至连吸引附近其他弱小生物进入天河大傻，并进行照例的猎杀行动也同时停下来了……