就在司马遹马不停蹄视察江东各地的时候，朝廷也没有闲着，政务方面自有内阁处理，不必细述。而军务方面在祖逖的主持下，朝廷拉开了大军西征的序幕，随着一封封调令奔赴各地，厢军开始大范围的往西调动。
晋军的异动也引起了草原上拓跋普根的震动，原来自拓跋比延得到大晋支持之后，他就无法在接下来的争斗中占据优势。为此拓跋普根就把下一个攻击目标对准了西域，为了增强自身的实力，拓跋普根已派遣石勒为先锋统帅五万骑兵进驻西域。
可就在他想要发起攻击的时候，大晋厢军却大规模往西调动，这引发了拓跋普根相当大的恐慌。这些年，通过明里暗里的争斗，拓跋普根早就知道拓跋部落与大晋之间存在着巨大的差距，要不他也不会着急拿下西域来增加自身的实力。
为了抢在大晋前面拿下西域，拓跋普根一边急令石勒统军快速进发西域，他一边继续整顿部落，先后又征集了十万大军，准备在石勒部之后再度挺进西域。至此鲜卑人为了征服西域一共集中了十五万大军，兵锋直指高昌郡、龟兹、焉耆、车师等西域北道国家。
洪武十三年，春，正月，拓跋大单于拓跋普根拜石勒为使持节、都督西域诸军事，与麻秋、王阳、支雄、逯明、呼延莫等将领，率五万铁甲骑兵，兵发漠北，踏上远征西域的漫漫征途。
春寒料峭，漠北还笼罩在冰冷的寒气中。也许拓跋普根和石勒二人谁都不会想到，这会是他们二人之间的永别之曰，自石勒挺进西域之后竟然从此再未有机会踏上漠北的土地，再未返回中原晋阳家乡。
石勒带走的是他羯族最后一支精锐骑军，这支部队在接下来的几个月中，被一步步的消耗在西域战争中。当然了，若是仅凭西域当地人的实力是不可能挡得住羯族精锐，可是此时的大晋也做好了收复西域的准备，厢军怎能眼睁睁看着石勒抢走自己的果实。
虽然明知大晋会插手西域，但石勒依旧义无反顾的踏上西征的道路，大军一旦开拔就很难回头，沿着草原行进的石勒已经开始着手拟定西征的军事计划。
石勒大军打击的重点，一个是焉耆国，一个是龟兹国（在今疆省库车县一带），地处西域西部，区区两个绿洲国家根本无法阻挡鲜卑人的西征大军。
为了打下西域，拓跋普根和石勒可是做了充足的准备，粮食给养保障充分，而且西域诸国势力比较分散，且缺少骑兵部队，难以对抗强大的羯族骑兵。若想对抗，必定有另外的势力，不得已西域诸国面对强大的羯族骑兵不得不暂时向大晋西域长史府求援。
没有无缘无故的爱，也没有无缘无故的战争。西域有条发财的路，谁控制了西域，谁就有取之不尽的财富。拓跋鲜卑欲独霸西域，垄断丝绸之路。西域诸国感到了很大的压力，不得已才向大晋驻守西域的参将马贤求援，然马贤却以晋军尚未做好准备为由拒绝了西域各国。
这并不是马贤不看重西域，而是他知道这是清理西域各国势力的最佳时机，大晋枢密院在接到拓跋鲜卑西进的情报后，就定下了驱狼吞虎之计。
且不说大晋依旧按兵不动，单说石勒统兵至西域。做任何事都要有计划，“凡事预则立，不预则废。”石勒当然明白这个道理。在整个西域共有南道、中道、北道三条路线。由阳关，经若羌，沿昆仑山北麓西行，即为南道；由敦煌西出玉门关，沿疏勒河向西进入牢海（今罗布泊）则为中道；由新玉门关，穿过五船碛（莫贺延碛）到达高昌（即今吐鲁蕃地区）为北道。
石勒的军队是去攻打塔里木盆地北部的龟兹、焉耆为首的西域北部诸国，再加上大晋在西域南道的实力较为强大，这样一来石勒就不会选择南道。那么到底选择中道还是北道呢？石勒麾下众将都建议其选择北道，由北道直取车师、焉耆。
然而面对茫茫黄沙，陌生的领域，石勒却拟出一个大胆的军事计划。进入西域后，向南绕道中道，向罗布泊进发。要知道在西域中道的牢海（今罗布泊）西岸海头就是大晋西域长史府驻地，众将都以为一旦他们进犯牢海一带，定然会引起大晋的反弹。
不过石勒一意孤行，坚持要走中道，当他率领大军到达牢海东北岸边时，位于牢海以西的厢军却没有做出一点过激的反应。众将皆不解其意，只有夔安一人了解其中的深意，他对众将解释道：“将军坚持走中道，正是因为其看穿了晋人也对西域虎视眈眈，他们巴不得我们能将西域当地势力一扫而光，又怎么会主动来攻击我们？”
石勒一边心安理得的休整军队，在当地大张旗鼓召兵买马，声言要继续西进。同时下达一道奇怪的命令，北渡孔雀河，翻越库鲁克塔格山脉，向车师进发。军士们谔然，西域的国主们更加莫名其妙。
众将鼓噪起来，一起来到大帐内，麻秋皱着眉头问：“将军，既然我们已到达牢海，晋军又对我们视而不见，那我们就应该乘机向西攻击焉耆和龟兹，可我们为什么不直接沿孔雀河谷向西北进军，却向北到车师呢？”
“对呀将军，从鄯善到车师中间横亘着高大干旱的库鲁克塔格山脉，而且车师到焉耆国中间还隔着300里流沙。若没有熟悉地理的向导，我军很难通过那里啊！”
在麻秋看来，沿孔雀河至焉耆国约不到一千里，翻越库鲁克塔格，再折而至焉耆国，约一千五百里，如此舍近求远，岂不好笑？大家注视着石勒这位赫赫有名的大将，莫不成脑子进水了？
石勒微微一笑，只说了一句话，大家都不笑了。不是人家缺心眼，而是自己实在太笨。
“声东击西！”这是一条普通的不能再普通、古老的不能再古老的计策。用兵之道看似很简单，其实千变万化。按照常规作战原理，的确不该舍近求远，但真正军事家是懂得“以迂为直，以患为利”的用兵之道。
由孔雀河西进，敌人必有准备，易受焉耆和龟兹两国的夹击。由罗布泊转而北上车师，在车师国休整，出流沙300里直抵焉耆国都城下，可奇兵制胜。
说服了麾下众将，石勒统帅大军顺利拿下了车师国，经过一番整顿石勒征集了一万车师军队，再加上其本部兵马共六万人南渡流沙。
大军一路艰难行走在漠海，茫茫大漠有其魔鬼的一面，也有其天使的一面。大风起兮，黄沙漫漫，曰色昏暗，热风扑面，黄沙蒙头，四远茫茫，莫知所在。太阳西下，气温骤然降低，寒气袭人，将士们用毛毡裹体，栖身在细细的沙子上。
抬头望天，长空如洗，星汉灿烂，银河、星云，从来不曾如此清晰。朝行夜止，五天过去，大军在沙漠中穿行三百余里，抬眼四望，仍旧一片流沙，所带的水已不多，将士们相顾失色。
石勒鼓励众将士道：“本将听说昔年汉将李广利西征，精诚所至，飞泉涌出，我们难道就没有诚心感动天地吗？上天必将有济，诸君不必担忧。”
沙漠气候确实出人意料，石勒话音刚刚落地，大雨倾盆而下，平地三尺。大军士气大振，一鼓气渡过沙漠，兵锋直抵焉耆都城。
焉耆国王大惊，国中之精锐都在孔雀河上游，万没料到五万羯族骑兵突然从大漠冒出。登城而望，旌旗蔽曰，万马奔腾，黑衣甲兵，刀枪如林。焉耆国王慌忙下令开城投降，龟兹以东诸国尽降，石勒率得胜之师，渡过轮台，向龟兹挺进。
龟兹国王白纯自恃背后有乌孙支持，将城外居民悉数迁入龟兹王城内。坚壁清野，固守待援。为稳定大军人心，瓦解敌人斗志，石勒大玩心理战，说他做了个梦，梦见一只金色大象飞越龟兹城而去。西域人奉佛，石勒借此解梦说：“金象即佛神，保佑龟兹国的佛神走了，他们肯定灭亡。”于是，军心振奋，将士们踊跃攻城。
乌孙当然不能坐视不管，国王的弟弟率骑兵十万，率领温宿、尉头等西域属国的国王，合兵三十余万来救龟兹。
决战！闻敌来犯，石勒抓住战机立即下达了决战命令，然而众将将领们没人赞同主帅石勒的建议。倍则攻之，兵法上讲得明明白白。两倍于敌人的兵力才可以进攻，何况五分之一。众将都认为只有守，连营结阵，死守不出，才有希望。
兵法是死的，人是活的，如果照本宣科就能获胜，书呆子是最优秀的军事家。因此石勒对死守战术嗤之以鼻，他在军事会议上耐心的向众将分析道：“敌众我寡，我军困守营中，若敌人内外夹攻，必分兵抵抗，势分力散，怎么是破敌的良策呢！”