碇源渡的计划成功的，不过也失败了，在运送EVA的途中使徒，如预期那般出现了，好强的明日香拉着碇真嗣一同进入了二号机的驾驶舱，驾驶着二号机跟使徒作战。
不过二号机并没有装备有水下作战装备，于是二号机直接被第六使徒，一个外形跟鲸鱼有点类似，一张血盆大嘴长满利齿的使徒吞掉了，再然后他就凉了。
这使徒仗着自己的嘴巴够大，吃东西居然都不带嚼的，于是他就被吞进肚子里的二号机弄死了，不过这个过程中碇真嗣的表现并不是很好，这让明日香对他的印象更差了，在打败使徒之后就直接将她踢出了二号机的驾驶舱。
将碇真嗣踢出驾驶舱之后，明日香一脸傲娇的叉腰看着碇真嗣，高声说道：“碇真嗣，你真是太让我失望了，就你这个样子居然还干掉了第三使徒，我真怀疑是不是发消息的那些人发错了，果然薇前辈才是我的偶像，还有云前辈。”
说到这里，明日香突然停了下来，露出了一幅若有所思的模样，低声自语道：“对了，不知道云前辈有没有女朋友，云前辈这样的才是真正的男子汉，要是能成为他的女朋友…不行，等下就去问问。”
明日香后面这句话虽然比较小声，但碇真嗣离着并不远，再加上周围虽然不是静悄悄的，但除了海浪声也没有什么杂音，所以他还是能听得清楚的，这让他的心情顿时低落了起来，也就是此时，他突然想到了绫波丽，那个无口、无心、无表情的三无少女。
明日香已经将叶云当成追求目标的事情叶云是不知道的，此时的他已经悄然截住了加持，以他现如今的实力，对付加持这种普通人简直不要太简单。
用神识力量暂时控制了加持的叶云打开那个装有亚当的箱子，打开箱子之后他用针管抽取了亚当一管血液，然后用小刀切割下来一小块组织装在另一个试管当中，再然后将箱子锁上，并交回到加持的手上，而这整个过程不超过二十秒，因此当叶云拿着自己想要的东西离开是，加持只是感觉恍惚了一下，就接着赶路了。
加持离开不久，叶云从黑暗当中走了出来，回到了训练室，亚当的血液跟组织已经被他妥善的保存起来放到了储物空间，想要的东西已经拿到了，而也就是此时系统突然告诉他，主神已经开始关注这个世界了，因为他们已经击杀了不止一个使徒，且剧情已经进入中程，所以它要加快入侵速度了。
系统要加快入侵这个世界的速度，叶云没有反对，哪怕这样会消耗更对的能量，但这段时间里系统存储了不少的能量，已经达到了百分之九十多，所以他并不心疼，他头疼的是，系统要让他尽量搞出一些轰动性的事件，并尽可能的破坏剧情，让这个世界本就已经混乱的世界意识变得更加的混乱，并将主神的注意力尽可能的引到他们的身上。
叶云在心中微叹了口气，暗道：“看来是得加快进度了，不过这还得先想想该怎么做才行。”
本来叶云是想一点点改变剧情，让量变引起质变，最后彻底翻转剧情的，不过现在看来，这是不行的了，因为系统已经开始加快入侵这个世界的脚步了，如果他不加快脚步将注意力吸引过来，那将会有很大的可能会被发现。
“我到底该怎么做呢？”叶云坐在训练室旁边用来休息的椅子上，暗自思索。
明日香，碇真嗣他们几个主角暂时不能动，一动他们很有可能剧情就有可能引起连锁反应，剧情有可能会直接结束，这得不偿失。
碇源渡也暂时不能动，他是人类补完计划的关键性人物，他要是死了，整个剧情直接就会乱掉，加持倒是可以，而且反正他也是要死的，先让他出局吧，然后再给碇源渡施加压力，加快击杀使徒的速度。
计划就这样定下来了，决定好接下来要做什么的叶云再没有心思跟碇源渡他们玩过家家，直接追上了拿着亚当的加持，直接抢走了亚当并将他放逐到了南美的雨林，他能不能活下来就只能看他自己厉不厉害了。
叶云先是将抢走的亚当放在人种袋之中，然后叶云若无其事的回到了训练室，一直待到明日香他们回来，而让叶云没想到的是，明日香一进来就对叶云非常的热情，让叶云有点摸不着头脑，毕竟他们从来都没有见过面。
不过明日香虽然傲娇，但依然不过是一个十四五岁的女孩，所以很快就被叶云跟铭烟薇将心里话全部套出来，叶云也明白了是怎么回事，不过可惜现在他要加快速度了，不然按照之前的情况，他还是很有兴趣跟明日香打好关系，慢慢改变剧情的。
明日香不止是明日香，铭烟薇也感觉到了叶云的冷淡，铭烟薇她可是知道叶云计划的，所以看到叶云对明日香有点冷淡，当即就猜到了计划肯定有变，不过叶云没有说，她也不便问，而且她还主动跟明日香打好关系，毕竟跟明日香打好关系总是不会错的。
另一边的碇源渡看到明日香他们已经回来，但加持却依然没有到，这让他产生了一种不祥的预感，随后他查了一下加持的行踪，证实了自己的猜测，加持确实出事了。
加持出不出是碇源渡其实并不是很关系，他关心的是加持手中的亚当有没有出事，毕竟这关系到他是否能成神，他可是为之付出了无数的心血，如果因为这个出问题了，他真的会吐血。
不允许出现意外的碇源渡直接动用了所有的力量开始寻找亚当，甚至连渚薰都动用了，不过很可惜，亚当的身体已经被叶云收到人种袋里面去了，所以别说渚薰只是亚当灵魂转世，就算是已经完全觉醒的亚当都不可能找得到被也收起来的亚当肉身。
这一结果让碇源渡慌了，他用了很长的时间才恢复了平静，而他恢复平静的第一件事就是加快人类补完计划的实施，让使徒连续出现，并先让初号机成神。
想要让初号机成神必须拥有s2机关（也就是生命果实），原剧中初号机就是吞噬了十四使徒力天使获得了s2机关，而一点获得了S2机关，初号机就能觉醒成神，不过在成神的过程中会引发了第三次冲击，第三次冲击之后，地球上将再没有生命留存。