但司马元显心里很明白，桓玄的野心绝不满足于割据长江上游三个州，如果自己拿不出有效的反制裁措施，很快桓玄会学着桓温顺流而下，窥探皇位。
迫在眉睫的危机感，压得司马元显喘息困难，坐卧不宁。
他身边的谋主张法顺提议，趁桓玄刚刚占据三郡，根基未牢，应兴兵讨伐，以刘牢之的北府军为先锋，自己率军垫后。
司马元显深以为然，跟他想到一块儿了，于是派张法顺前往京口，拜会刘牢之，先探探他的口风。
几日后，张法顺返回建康，对司马元显说，刘牢之面有难色，支支吾吾，恐与朝廷不是一心，不如召入建康面圣，趁机杀了他，以绝后患。
司马元显没有采纳他的建议，因为刘牢之死了，恐怕没人能镇得住北府军，即便是刘牢之不听我的话讨伐桓玄，但圣旨他不能不听吧。
恰在此时，不甘心附逆的武昌太守庾楷派人送来密信，他担心自己夹在荆州和朝廷之间，殃及池鱼，决定向朝廷靠拢，信中说朝廷一旦征讨桓玄，自己可做内应。
武昌乃长江中游重镇，这就更坚定了司马元显西征桓玄的决心。
元兴元年（公元402年），大年初一。
当建康城的百姓们还沉浸在新年的喜庆气氛中时，一道诏书从宫城中传出。
诏书为《讨桓玄檄》：
逆臣桓玄，凌虐人鬼，阻兵荆郢，肆暴都邑。
天未亡难，凶力繁兴，……
自玄篡逆，于今历年，……
仰观天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡！
历数荆州刺史桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、假黄钺，都督青、徐、兖、豫、扬等十八州诸军事。
再任命镇北将军刘牢之为为前锋都督，任命后将军谯王司马尚之统率后卫部队。
又下令大赦天下，建康城内外戒严，任命会稽王司马道子为太傅。
上一年，谢琰和刘牢之共同剿杀天师道的孙恩叛贼，虽然谢琰战死，但也最终已经平定。
新年伊始，司马元显打算借此机会把桓氏家族的人全部诛灭。
但他没有准确的判断朝廷实力。
三年征战孙恩天师道反贼使建康及以东诸郡县民众家破人亡，流离失所，饿殍遍野。
连朝廷文武百官都发不出工资薪水，这个时候出兵，粮草饷银从何而来，更何况孙恩虽然暂时跑回海岛，但东南沿海的天师道影响尚存。
如果朝廷大军西征，天师道死灰复燃，谁来御敌？
最后就是朝廷兵力远逊于荆州兵马，第一猛男刘牢之态度暧昧，遮遮掩掩。
但司马元显一意孤行，铁了心要跟桓玄决一胜负。
司马元显的水师舰队还没有启程，荆州的桓玄已经得到了消息。
他的堂兄桓石生在司马道子的府里担任长史，一得到消息就派人去密报了。
桓玄接到消息后，吓了一大跳，他本以为朝廷刚刚用了近三年时光平定孙恩之乱，人困马乏，不成想司马元显会选择与自己死磕到底，而且朝廷派遣了所有精锐前来，北府军为先锋，不禁心生惧意。
荆州长史，最重要的谋士卞范之进谏道：“桓公英明早已威震天下，司马元显乃一黄口小儿，刘牢之有勇无谋，更不懂朝廷政治风向，可加以利诱劝降。如果我们顺流而下，朝廷的抵抗必将土崩瓦解。”
卞范之的话令桓玄打消了疑虑，他命五哥桓伟镇守江陵，自己统帅七万大军东下迎击朝廷水师。
离建康越来越近，桓玄就越想越后怕，怀里像揣着一个小兔子似的，忐忑不安。
一个月后，荆州大军过了浔阳郡竟然没遇到朝廷的一兵一卒，反而接到了朝堂使者，齐王司马柔之送来的驺虞幡（驺虞乃上古神兽，从不杀生，魏晋时期这个旗帜象征着止戈息战，和平的意思）。
这说明朝廷心虚胆寒了，桓玄可算明白了，自己胆小，司马元显比自己还要胆小，他只不过是个虚张声势的纸老虎。
于是桓玄下令把司马柔之拖出去砍了祭旗，荆州军士气大涨。
这时好消息一个接一个的传来，不但是桓石生，桓谦、桓修都在朝中任职，密信一封接一封。
征讨大都督司马元显在皇帝司马德宗亲自赐酒壮行出征后，船队在石头城并未发兵。
另一封密信是揪出了武昌太守庾楷这个内鬼，于是，桓玄派人去捉拿庾楷，但庾楷抢先一步跑回了建康。
过了姑熟的长江江面是一路向东北延伸，摆在荆州大军舰队面前的是西岸的司马休之和东岸的司马尚之兄弟俩，正前方是冽州（魏晋时期长江中的沙洲）的刘牢之北府军。
桓玄不惧司马尚之兄弟俩，但忌惮刘牢之，于是修书一封，派自己麾下的何穆，刘牢之的族舅前往冽州送于刘牢之。
刘牢之其实已经犹豫很久了，此次的行动就像当年跟王恭“清君侧”一样，慢慢吞吞，不情不愿。
一来镇压孙恩之乱三年了，北府军人困马乏。
二来征讨桓玄对自己的北府军并没有多少好处。
三来他元日节特地赶往建康给领导司马元显拜年，但是没有事先预约，等了一天也没见到司马元显，直到司马德宗给司马元显举行饯行仪式上才见到他，司马元显自恃身份，对他代答不理。
这就给自尊心极强的刘牢之带来了极大的伤害。
现在朝廷除了桓玄就是他的徐州了，如果桓玄被灭，下一个不就是我了吗？
正在他焦头烂额，烦恼不已时，族舅何穆带着桓玄的亲笔书信来了。
信中桓玄拿着白起、韩信等不得善终的功臣做事例大谈鸟尽弓藏，兔死狗烹的道理。
直言道，你此番战败必死，战胜也下场不妙，唯一的出路就是改换门庭，投靠我桓玄门下，以后跟着我享不尽的荣华富贵……
这封信正好戳中了刘牢之的心事，简直是心有灵犀一点通。
这时，有军兵来报，荆州军已经对长江东岸的司马尚之部发起了总攻。
刘牢之沉默不语。
手下众将纷纷进言，此时应该集结兵力与司马尚之前后夹击荆州军，可获全胜。
刘牢之摇头不语，当军兵再次来报时，谯王司马尚之大败而逃。
刘牢之不顾手下众将反对和劝谏，对他们说，我怎能不知道这些！我今天消灭桓玄，易如反掌，但是，扫平桓玄之后，你让我如何对付骠骑大将军司马元显？
他最终决定投靠桓玄，派儿子刘敬宣前往姑熟桓玄营中请降。
三月初三，还在石头城外的朝廷水师战船上与众将士纸上谈兵，商讨抵御荆州军的司马元显，忽然接到探报，荆州军已经到了新亭（今江苏南京市雨花台区软件大道西）。
司马元显吓得魂飞魄散，赶忙下了战船，逃回建康城内。
在台城组织建康驻军防守，列阵于宣阳门外。
但平时司马元显对待军兵层层盘剥克扣，供给他们最低劣的饮食和被褥，不得军心，当听说荆州军前锋已抵达朱雀航，耳中听到震天高呼声，“缴械不杀，投降不杀！”
朝廷的军兵一哄而散，兵器丢得遍地都是。
十几年来司马道子谗佞专权，结党营私，祸乱朝纲，满眼望去大晋朝堂文臣武将尽是阿谀奉承，滥竽充数之辈，一看桓玄大军开进建康早跑的无影无踪。
光杆儿司令司马元显只好策马逃亡会稽王府，去找老爸司马道子去了。
正在酣睡中的司马道子被吓醒，揉着惺忪的双眼看着眼前惊慌失措的儿子，听闻建康被桓玄攻陷，大势已去，父子二人抱头痛哭。
桓玄在左右众将、幕僚陪同下，骑着高头大马进了建康。
先去了宫城，拜见了司马德宗，然后拟定了第一份诏书，内容是诛杀奸党乱臣。
相王司马道子罪名为“酗酒、不孝”等，由侍御史杜林押送，流放江州安成郡（今江西吉安市安福县）。
桓玄命人把司马元显绑于闹市，一条条历数他的罪责后，将他和他的长子司马彦璋以下所有六个儿子，连同谯王司马尚之，谋士张法顺，庾楷等人被判腰斩并弃市。
三月初四，桓玄恢复隆安这个年号。
皇帝司马德安下诏书，命令解除戒严。
然后再下诏任命桓玄统领文武百官，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，加授黄钺。
再任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、青二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
桓玄独揽朝内朝外军政大权，龙亢桓氏在桓温死后二十九年重新走上了东晋朝廷的巅峰。
三月初五，刘牢之心心念念的赏赐下来了，封征东将军、会稽内史，调离京口赴会稽上任。
他原本就是征西将军，江州刺史，前锋都督，现在桓玄竟然给他解除了军权，只是保留了将军封号。
这可是刘牢之万万没想到。
这一晴天霹雳把刘牢之打回了残酷的现实中，他懊悔不已。
王恭看不起他是因为他出身不好，司马元显看不起他是因为他粗鄙武夫，现在桓玄依旧是看不起他！
三人对他的真实态度只有两个字——利用。
而桓玄比王恭、司马元显更加阴险狡诈，十几天前还给自己许愿，信誓旦旦，一占领建康就变了脸。
这些皇亲国戚、高门士族拿他当枪使，东征西讨，打仗时对他好言安抚，不打仗时就弃之不用，这跟对待一条狗有什么两样？
儿子刘敬宣就向刘牢之建议，利用他还尚存的威望和影响力，召集将士进攻丞相府诛杀桓玄。
曾经在战场上勇猛无敌的刘牢之现在已经是雄心不再，犹豫再三，将北府兵从建康城中拉到了外围，新洲西南的班渎，以观望建康形势。
安顿好后，刘牢之单独找来最器重的建武将军刘裕（三年前孙无终把刘裕举荐到刘牢之的北府军参与剿灭天师道）。
这些年来刘裕披坚执锐，打仗冲锋在前，骁勇善战，富有智谋，多次打败人数十几倍的天师道叛军，把孙恩赶回海岛，立下赫赫战功。
刘牢之问刘裕，我打算渡江去广陵，与宁朔将军高雅之合兵共同讨伐桓玄，你愿追随我吗？
没想到刘裕一口回绝了他，“将军以数万劲卒背叛朝廷，倒戈桓玄，如今桓玄大权在握，民众刚刚逃离战火，稳定下来，将军再起兵，不得民心，若将军执意如此，末将宁可解甲归田，回京口种地。”
刘牢之闷闷不乐，再召北府军众将、幕僚商议，宣布自己的决定，要去广陵会合高雅之讨伐桓玄。
众人多数表示不同意，大家的家眷都在京口，如果举兵反叛，那家眷首先会被桓玄杀尽。
刘牢之有了一种四面楚歌的感觉，只得宣布散会，以后再议。
桓玄本来就对手握北府军的刘牢之不放心，更加了解他的为人反复无常，早就重金收买了刘牢之的其中一个幕僚。
刘牢之一散会，他的会议内容马上就传到了桓玄的耳朵里。
于是桓玄也召集了亲信卞范之、殷仲文、桓谦来相府里密议。
大家对刘牢之的节操品行了如指掌，如今朝廷大权和地方主要州郡都在桓氏族人和亲戚手里，怎么可能再放给外人？
丹阳尹卞范之是桓玄深为倚重的心腹，多年前就追随他。
左卫将军、侍中殷仲文虽然是桓玄对头殷仲堪的堂弟，但他还有个身份是桓玄的姐夫。
尚书左仆射桓谦是桓玄叔父，大名鼎鼎的桓冲之子，为人正直，且少有才望，名声远播。
大家坐下后，桓玄开门见山地把自己的意图说了出来，该解决掉刘牢之了，留着他是个心腹大患。
但他手里还有三万北府军，大家也都知道，这三万人都是能征惯战的老兵，战斗力可抵三十万普通兵。
虽然现在刘牢之和麾下众将有些离心离德，但派人下诏去杀刘牢之，万一激起他们哗变呢？
那么东征司马元显一年多来取得这来之不易的胜利果实，会不会因此而不复存在？
桓谦说，此事不宜操之过急，北府军将领在刘牢之麾下十几年了，有他儿子，有他女婿、外甥，还有心腹。
殷仲文说，可否派人召刘牢之入宫，将其斩杀？
桓玄说，不可，现在刘牢之可能已有提防，不会入朝，即便会来，杀了他万一班渎的北府军进攻建康，后果不堪设想。
大家陷入了沉默中，桓玄把期盼的眼神投向了一直默默无语的智囊卞范之。